ANTECEDENTES
Las guerras civiles entre los invasores, estallaron a los pocos años de la caída del tahuantinsuyo. Estas guerras se pueden dividir en dos etapas: la primera, en la cual se enfrentan pizarristas contra almagristas por la disputa del poder y la posesión de las tierras recién invadidas. La segunda etapa está marcada por las rebeliones de los invasores españoles contra los intentos de la corona española por imponer su autoridad en América.
PRIMERA ETAPA
El Rey de España Carlos I estableció las gobernaciones como sistema de gobierno para las colonias, entregándolas a los propios conquistadores, así los principales líderes de la conquista recibieron del Rey: La Gobernación de Nueva Castilla; la cual se ubicó en el Perú y fue concedida a Francisco Pizarro por la Capitulación de Toledo 1529 y La Gobernación de Nueva Toledo; se ubicó en chile y fue concedida a Diego de Almagro por Ordenanza Real 1534, luego que éste reclamó por los escasos beneficios obtenidos en la Capitulación de Toledo. Sin embargo el Rey no había definido a quien correspondería el Cuzco, pues esta ciudad se ubicaba justo en el límite de ambas gobernaciones. Esta fue la causa fundamental de la guerra, cuyo antecedente remoto lo encontramos en el resentimiento de Almagro hacia Pizarro generado después de la inequidad en el reparto de honores y metales que tuvo lugar con la Capitulación de Toledo (1529).
GUERRA DE LAS FRONTERAS (1537-1538):
Almagro luego de haber realizado una expedición hacia su gobernación en 1535 se percató que el territorio era muy escaso en riquezas y que la población indígena, liderada por caciques como Lautaro o Colo Colo, era extremadamente belicosa frente a la presencia de los europeos. Ante una situación adversa, el viejo manchego sintió que nuevamente había sido objeto de un engaño por Pizarro; es así, que tras el fracaso de Chile, Almagro intentó resarcirse capturando el Cuzco. Las fuerzas pizarristas ubicadas en el sur andino, dirigidas por Alonso de Alvarado, intentaron reaccionar a la agresión almagrista, pero terminaron siendo derrotados en la Batalla de Abancay (12 de Julio de 1537) por el almagrista Rodrigo de Ordoñez. Francisco Pizarro que se encontraba en Lima, al enterarse de lo que sucedía en el sur de su gobernación decidió buscar una solución pacífica al conflicto. Así se van a producir las conversaciones de Mala y Lunahuana entre Francisco Pizarro y Diego de Almagro . Los dos más importantes líderes de la invasión española acordaron designar al abogado Francisco de Bobadilla como árbitro para que decidiera sobre la suerte del Cuzco. El fallo de Bobadilla resultó favorecer a los Pizarro, fue entonces que Francisco, en muestra de buena voluntad, decidió que Almagro mantuviese el Cuzco hasta que el Rey decidiese lo definitivo. Mientras esto sucedía, Hernando Pizarro lograba escapar de su prisión en el Cuzco y agrupó a las fuerzas pizarristas en el sur andino para enfrentarse a las fuerzas de Diego de Almagro. Los pizarristas derrotaron al almagrista Rodrigo de Ordoñez en la Batalla de Huaytará y luego de algunos días nuevamente vencen a las fuerzas almagristas en la Batalla de las Salinas (6 de abril de 1538); luego de la batalla Almagro fue apresado por Hernando Pizarro y llevado al Cuzco en donde fue sometido a juicio sumario y condenado a muerte, sentencia que se cumplió el día 8 de julio de 1538. Luego de la ejecución, el cuerpo de Almagro fue sepultado en la iglesia La Merced del Cuzco.
REBELION DE DIEGO DE ALMAGRO “EL MOZO” (1541-1542)
Al morir Diego de Almagro dejó como único heredero a su hijo mestizo llamado Diego de Almagro, conocido como “el mozo”, a quien los pizarristas no quisieron reconocerle sus derechos de herencia. Ante esto, los almagristas decidieron vengar la muerte de Diego de Almagro “el viejo” y de luchar por los derechos del joven Almagro.
El 26 de junio de 1541 un grupo de almagristas al mando de Juan de Rada ingresaron a Palacio de gobierno y asesinaron a Francisco Pizarro. Una mortal estocada del almagrista Narváez, le atravesó la garganta para luego destrozarle el cráneo con un pesado jarrón. Sus restos fueron recogidos por su fiel criado Juan de Barbarán y enterrados en el huerto de los naranjos, a un costadote la catedral. Luego de la muerte de Francisco Pizarro los almagristas proclamaron a Diego de Almagro “el mozo” como nuevo gobernador de Nueva Castilla.
Un año más tarde llegó al Perú el licenciado Cristóbal Vaca de Castro, enviado por la corona para investigar las causas de la muerte de Diego de Almagro “el Viejo”. Sin embargo, al tomar conocimiento de la muerte de Francisco Pizarro a manos de los alamagristas, terminó por combatir a éstos. Vaca de Castro, apoyado por los pizarristas derrotó a las fuerzas de almagro “el mozo” en la Batalla de Chupas, cerca de Huamanga el 16 de setiembre de 1542. El Joven Almagro terminó siendo apresado y conducido al Cuzco en donde fue sometido a juicio y sentenciado a morir decapitado. Los restos del mestizo fueron sepultados en la Iglesia la Merced junto a los de su padre.
SEGUNDA ETAPA
LA REBELION DE GONZALO PIZARRO (1546-1548)
Se rebeló contra el intento del Virrey Blasco Núñez de Vela por querer aplicar en el Perú la Leyes Nuevas de 1542. El Virrey llegó al Perú en 1544 buscando someter a los encomenderos bajo las leyes del Rey de España, sin embargo la actitud de los encomenderos, dirigidos por Gonzalo Pizarro, fue de total rechazo a Núñez de Vela. Finalmente en 1545, la Audiencia de Lima, ante la presión de los pizarristas, decidió expulsar al Virrey y deportarlo a Panamá para que de ahí regrese a España. Pero ya estando en pleno viaje rumbo a Panamá, Núñez de Vela decidió desembarcar en Guayaquil y desde ahí avanzar hacia Quito, en donde procedió a armar un ejército para regresar al Perú. Al enterarse de las acciones del Virrey, los encomenderos avanzaron hacia el norte a cerrarle el paso, derrotándolo en la Batalla de Iñaquito el 18 de noviembre de 1546; luego del enfrentamiento el Virrey fue capturado y decapitado.
Así, Gonzalo Pizarro fue proclamado gobernador del Perú y se declaró en franca rebeldía contra la corona. Algunos de los más allegados colaboradores de Gonzalo Pizarro, como Francisco de Carvajal, le Propusieron desposarse con una princesa incaica y así proclamarse rey del Perú, de esta manera conseguirá ganarse el apoyo de las élites indígenas y así poder enfrentar la contraofensiva de la Corona Española.
El Príncipe Felipe de España se hizo cargo de la situación en el Perú y decidió enviar al Pacificador Pedro de la Gasca, el cual llegó previamente a Panamá en 1547 con la misión de ofrecer indultos reales y premios para aquellos encomenderos que decidiesen traicionar a Gonzalo Pizarro. El primero en levantarse contra Gonzalo Pizarro fue Diego Centeno, quien cayó derrotado por Francisco de Carbajal en la Batalla de Huarina(1548).
La Gasca, con poderosos refuerzos y muchas deserciones de pizarristas desembarcó en Tumbes, siguió el camino de Jauja y en Jaquijahuana (cerca del Cusco) en 1548, sorprendió a Gonzalo Pîzarro. La acción no fue propiamente una batalla sino un desbande ante el cual Carvajal se puso a cantar “estos mis caballicos maire, uno a uno se los lleva el aire”. Luego Gonzalo Pizarro y Francisco de Carbajal fueron decapitados en el Cusco.
Derrotado Gonzalo Pizarro el pacificador Gonzalo Pizarro procedió a realizar el llamado “reparto de huaynarima”, mediante el cual reparte premios entre todos aquellos que lo habían apoyado a derrotar a los rebeldes pizarristas. Sin embargo, hubo muchos que no llegaron a recibir ninguna recompensa por haber defendido la causa real.