El conflicto surgido entre Huáscar y Atahualpa marca la decadencia del imperio de los incas. Al término de esto el monarca triunfante, Atahualpa, no disfrutaría mucho de su victoria pues ya los españoles pisaban territorios del Tahuantinsuyo y, posteriormente, llevarían a efecto el procesamiento del soberano iniciando con ello la conquista y dominación española en nuestro suelo.
La sucesión del trono
El legítimo heredero, designado por Huayna Cápac, era su hijo el príncipe Ninan Kuyuchi, quien murió casi al mismo tiempo que su padre, victima de una extraña peste que asoló la región ecuatoriana (probablemente fue la viruela traída por los españoles y que se propagó desde Panamá). Pero como aún en vida, Huayna Cápac había designado a Huáscar como segundo sucesor al trono imperial, entonces este se ciñó la Mascapaicha que le acreditaba como gobernante del Tahuantinsuyo al que, también, aspiraba su hermano bastardo Atahualpa, que habiendo nacido en el Cusco había asinilido a la nueva nobleza de Quito y que, de esta forma, veía postergadas sus ambiciones.
La guerra
Encolerizado, a su vez, Huáscar porque su hermano no había acompañado los restos de su padre, de Quito al Cusco, y porque tampoco había acudido a rendirle homenaje de sumisión y pleitesía, castigó con la muerte a la embajada que Atahualpa le había enviado para presentarle sus excusas por su inasistencia al Cusco. Pensó, de esta manera, Huáscar, hacer sentír su autoridad. No lo consiguió ya que esta acción del gobernante cusqueño provocó la sublevación de Atahualpa, desencadenandose la guerra civil.
En el curso de los acontecimientos, Huáscar consiguió exitos iniciales. El general Atoc, enviado por él, logró derrotar a la huestes de Atahualpa en la batalla de Tumi-Pampa. Atahualpa fue hecho prisionero pero logró escaparse. Reorganizó su ejercito y cerca al Cusco derrotó al ejercito de Huáscar en la batalla de Quepay-Pampa. El ejercito triunfante de Atahualpa se volcó sobre la ciudad imperial, la que fue saqueada y destruida completamente. Huáscar fue hecho prisionero y obligado a presenciar esta destrucción. Se buscaba no dejar vestigios de lo que había sido la ciudad del Cusco, así como de su arrogante nobleza imperial.
En esta forma se precipitaba la ruina del Tahuantinsuyo. El poderío imperial estaba debilitado. Atahualpa, luego de la victoria de sus generales retornó hacia el norte, deteniéndose en Cajamarca. En estas circunstancias hacian su aparición los españoles en las costas de Tumbes. Más tarde, Atahualpa fue hecho prisionero por los españoles y, desde allí, mandaría matar a su hermano Huáscar que aún se encontraba en prisión. A su vez, él fue ajusticiado el 26 de julio de 1533.