La ambición de riquezas y sobre todo de poder creó rivalidades entre los conquistadores Francisco Pizarro y Diego de Almagro y los lanzaron a la lucha fratricida, que con sangre y muerte levantó una barrera entre almagristas y pizarristas. La ejecución de Diego de Almagro suscitó entre los seguidores del viejo soldado que tenía muy fieles devotos, el deseo de venganza.
Los partidarios de Almagro se agruparon en torno a su hijo Diego de Almagro ‘el Mozo’. Los conjurados, bajo el mando de Juan de Rada, resolvieron la muerte del conquistador, como única forma de vengar al jefe ajusticiado.
El domingo 26 de junio de 1541 a la hora de la misa, un bullicioso grupo de 21 complotados, cruzó en forma tumultuosa la plaza de Armas y lanzando gritos contra el conquistador (¡Viva el rey! ¡Muera el tirano!), asaltaron el palacio de Pizarro ante la mirada de muchos que se encontraban en la puerta de la catedral y en la plaza, sin que nadie osara obstruirles el paso. En el palacio había en esos momentos, también 21 personas amigas de Pizarro, fuera de pajes y criados. La mayoría de los asistentes huyó cobardemente y sólo un pequeño grupo, incluido los pajes, se enfrentó a los asaltantes.
El conquistador del Perú, pese a su edad, vendió cara su vida y se defendió valientemente espada en mano. En el duelo que se trabó, Pizarro mató a un atacante, pero recibió una estocada mortal en el cuello. Además de Pizarro; murió en la lucha Martín de Alcántara su hermano materno, así como los pajes Cardona y Vargas. Quedaron heridos otros pajes, el maestresala Lozano y el capitán Francisco Chávez que olvidando su valeroso proceder de años anteriores, trató en esos momentos de entrar en tratos con los conjurados. También quedó herido un servidor llamado Juan Ortiz. De los conjurados murió Diego Narváez, de una estocada que le dio Pizarro y resultó herido Martín de Bilbao por un corte que le infirió el servidor Juan Ortiz de Zárate.
Así a los 65 años, murió el conquistador del Perú, gobernador de Nueva Castilla y marqués de los Atavillos don Francisco Pizarro.
Muerto Pizarro, los almagristas nombraron gobernador a Diego de Alamgro ‘el Mozo’ y se levantan contra la autoridad del enviado real, Cristóbal Vaca de Castro, que había llegado al Perú en calidad de Juez Comisionado y Gobernador del Perú.
Ambos ejércitos se enfrentaron en la batalla de Chupas, muy cerca de Huamanga (Ayacucho) el 16 de septiembre de 1542, siendo derrotados los almagristas. Almagro ‘el Mozo’ pretendió refugiarse entre los rebeldes incas de Vilcabamba, pero fue capturado y ejecutado en el Cuzco.
Onieva cuenta estos luctuosos sucesos de la siguiente forma:
“Pero los partidarios de Almagro no descansaban y prepararon una emboscada contra Pizarro. El día 26 de junio de 1541 entraron sigilosamente en su casa y le acometieron con las armas.
Seguidamente los caciques se comieron los dos miembros en presencia de la pobre víctima, y aún por mofa quisieron obligarle a comer su propia carne.
Aún siguieron ensañándose con él durante tres días, siendo tales las penalidades, que no existen palabras con las cuales describirlas. A los tres días murió.”
Evidentemente se han mezclado los relatos de las muertes de Pizarro y los de Valdivia. En los libros mutilados pasan estas cosas. Señalar (del texto conservado) que la entrada de los conjurados en el palacio de Pizarro (¿los tiranicidas?) fue de todo menos sigilosa.