Tras la ocupación militar la población mudéjar seguía siendo mayoría, hasta la sublevación mudéjar de 1264. Las razones económicas abogaban por tal continuidad poblacional. Tras la revuelta, paso a una situación totalmente radical con un control total por parte de la población cristiana, se terminó la tolerancia.
En tiempos de Alfonso X los moros residían en la villa o el arrabal, dedicándose a la artesanía y al comercio, mientras que los que Vivian en el término lo hacía en alquerías dispersas, cuyo número ignoramos. En 1261 se habla de moros labradores con bueyes, de tenderos, menestrales y mercaderes, jornaleros y peones, así como marineros, profesionales similares a las de los cristianos, que continuarían el mundo laboral de la etapa anterior.
La comunidad mudéjar de Alicante siguió una tendencia descendente a finales del siglo XIII y de mayoría, los moros pasaron a ser una minoría. En ello influyeron las campañas militares de Jaime II para conquistar el Reino de Murcia. La población musulmana se refugió en Crevillente escapando de la guerra. Restaurada la paz Jaime II intento restablecer el poblamiento dando franquicia a los moros que fueran a repoblara la Huerta de Alicante y residieran durante dos años. Pero las correrías granadinas de 1304 impidieron que se consolidara este proyecto.
Las dificultades del siglo XIV, las epidemias, la guerra de la Unión y, sobre todo, la guerra con Castilla (1356-1367) provocaron la ruina de la comunidad mudéjar de Alicante, dispersando a sus habitantes. En 1368 no quedaban moros en Alicante, lo que hizo que Pedro IV dictara una serie de disposiciones y privilegios tratando de atraer de nuevo a la villa a moros y judíos, enfranqueciéndolos durante cinco años de impuestos, a cambio de residir en Alicante. No tuvo mucho resultado.
Recordamos que el moro estaba totalmente marginado pro sus convecinos cristianos. Esta segregación que tenían su fundamento legal en las disposiciones emanadas de la Iglesia y de la Corona, se manifestaban en la residencia, al obligarles a residir en morerías, que solían ser barrios periféricos, debían pernoctar cuando viajaban en hostales especiales; la segregación era visible en las actividades sociales, como fiestas u otras reuniones; por supuesto, segregación sexual, prohibiéndose cualquier contacto entre individuos de las dos religiones, obligación de llevar signos distintivos especiales que los diferenciaran de los cristianos, por ejemplo el peinado. En el terreno religioso aunque la Corona se mostró inicialmente respetuosa con las capitulaciones tras la conquista, la presión de la Iglesia trató de silenciar las manifestaciones públicas del Islam, como la llamada a la oración, las peregrinaciones o la erección de nuevas mezquitas. Problemas que en Alicante no debieron se muy grabes dada la escasa entidad de la comunidad mudéjar, mayoritariamente rural.
