La interpretación que la sociedad del Seiscientos hacía de las calamidades como epidemias y catástrofes naturales, estaba relacionada con la mentalidad teocrática imperante en la época. Las aflicciones eran así enviadas por Dios para castigar por los pecados cometidos colectivamente. Hacia 1647, muchos valencianos parecían haber cometido suficientes errores en los últimos años como para desatar la cólera divina. Entre finales de junio y principios de julio, la peste se presentará en la capital, empeorando una ya más que evidente crisis.
Procesiones y plegarias:
La peste llegó a Valencia a bordo de un barco mercante procedente de Argel. Las autoridades sin embargo se resistieron en principio a aceptar la realidad ya que el hacerlo suponía aislar a la ciudad. De esta forma hasta finales de verano no se adoptarán más que unas pocas medidas preventivas encaminadas a evitar el contagio de las personas que entraban en la capital, además de otras medidas para mejorar las condiciones higiénicas de la urbe. El virrey intentará ocultar la verdadera causa de las muertes al rey pero los nobles comenzarán a huir de la ciudad, aterrados por la extensión de la enfermedad.
A comienzos del otoño el pánico se había apoderado de la ciudad. Los valencianos, desesperados, buscaron refugio en la Iglesia. Esto motivó que el arzobispo (fray Isidoro de Aliaga) tomara algunas decisiones como reforzar el clero de las parroquias con frailes de varios conventos para poder atender al espectacular aumento de demanda de administración de sacramentos.
A los clérigos se les dará una serie de indicaciones para evitar el contagio: vestir sotanas de bocacín y manteo y hacerse acompañar de un seglar con báculo y un hacha, que encenderían al entrar en la casa de los enfermos y moribundos para oírles en confesión.
Además el arzobispo autorizó la celebración masiva de procesiones. La Compañía de Jesús, los mercedarios, el Municipio, la cofradía de la Sangre, la parroquia de Santa Catalina, el Estudi General, entre otros, recorrían día tras día las calles y plazas implorando misericordia. Sin embargo, estas continuas aglomeraciones de gente solo contribuyeron a extender aun más la enfermedad.