La situación política en los años que trata la película es tensa. Por parte de las metrópolis es tensa porque buscan anexionar territorios y existen discrepancias en cuanto a la extensión de las zonas fronterizas, es decir, existen discrepancias entre los diferentes imperios -Portugal y España- por el territorio, aunque en este caso concreto existe finalmente un acuerdo, ya nombrado anteriormente, que perjudica a los indios de zonas del Paraguay.
Se trata de una época, por otra parte, que va avisando de los movimientos independentistas en América, y esto se observa en la película. Es una época en la que la Iglesia ha perdido cierto poder y la Compañía de Jesús en zonas de Latinoamérica intenta actuar un tanto de forma independiente, siempre atada a decisiones diplomáticas y, sobre todo, a decisiones del papado. Todo esto se percibe en el filme y todo esto es más o menos cierto. Puede que se le de demasiada importancia al deseo de independencia de los guaraníes más allá de las cataratas de Iguazú, pero esto responde a algo básico, y es el hecho de que no hablamos de una independencia pretenciosa objetivamente, y es que simplemente los guaraníes se encontraban en una zona prácticamente inaccesible donde allí mantenían las tribus cierta identidad propia y coexistían con sus modos de vida. Si se permite el término, la “intrusión” de los jesuitas en tierras más allá de las cataratas del Iguazú ya supone una especie de invasión, aunque en el filme se muestra como que es necesaria esta irrupción jesuita, sobre todo porque estos pretenden demostrar que aquellas tribus no son salvajes a los ojos de los diplomáticos que informan a los respectivos imperios. Y esto lo hacen para que no se encarguen los imperios, con sus respectivos ejércitos, de invadir estas zonas, realmente casi inaccesibles como ya se ha dicho. Es decir, se trata del remedio de una invasión pacífica jesuita para evitar una invasión violenta; unos objetivos religiosos contra unos objetivos políticos. Hay que decir que todo esto no es descabellado, ya que los jesuitas sufrieron un gran desprestigio a todos los niveles hasta el punto que tanto en Francia como en España disolvieron la Compañía de Jesús años más adelante de las misiones en el Paraguay. Por tanto, no es descabellado que los jesuitas pretendieran de verdad ayudar al pueblo indígena, siendo esta afirmación contraria a muchos comentarios que suscitó la película en los que se venía diciendo que el filme era puramente pro-jesuita y pro-occidental, cuando, mucho más lejos de la realidad, el filme no se asemeja a lo que es una postura pro-occidental, que sí pro-jesuita, pero es que tampoco se puede derrumbar una hipótesis por prejuicios de ningún tipo, ni morales ni institucionales. Esto es, si el guionista de La Misión o el mismo Roland Joffé se han documentado y establecen una hipótesis que creen fielmente, ¿por qué proponer algo que no entre en esa hipótesis? Por tanto, no existe un deseo de favorecer claramente e impúdicamente a nadie en este filme, simplemente de mostrar lo que los responsables del filme creen que fueron los hechos, aunque la forma de mostrarlo esté obviamente fundamentado desde una cierta subjetividad inevitable, denunciando un problema social que viene provocado por un problema ajeno, extranjero, donde las víctimas son los indígenas.
Por otro lado, es discutible la resistencia indígena al final del filme junto a los jesuitas, ya que los jesuitas es muy probable que no opusieran mucha resistencia debido a que la orden ya era lo suficientemente discutida como para luchar contra las fuerzas hispano-portuguesas. Pero no deja de ser un filme, por mucho que intente ser correcto debe funcionar como película de entretenimiento, debe de intentar que la mirada del espectador no se pierda, y lo consigue.
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En el tercer y último capítulo sobre La Misión se analizarán algunos puntos fundamentales que se observan en el filme y se dará por terminada la serie de artículos con una conclusión.