En 1896, los independentistas tagalos se sublevaron y hostigaron a las tropas españolas a través de guerrillas. La respuesta del ejército colonial, al mando del general Polavieja, fue innecesariamente dura. Entre sus víctimas figuró José Rizal, acusado injustamente de complicidad con el Katipunan (un grupo independentista).
La guerrilla, mal organizada, mal armado, se vio incapaz de liberar el archipiélago. Sin embargo, los españoles tampoco conseguían imponerse a pesar de la represión y de sus victorias parciales. En realidad, para hacer frente al ímpetu independentista, España oponía muy pocas fuerzas. Según los cálculos, cuando se iniciaron las hostilidades las tropas coloniales estaban compuestas por unos 14.000 hombres del ejército de tierra, en los que estaban integrados contingentes de guardias civiles y carabineros, a los que había que sumar unos 3.000 de la armada, en total unos 17.000 hombres, de los cuales dos tercios eran nativos.
Ante esta situación, Madrid sustituyó a Polavieja por Fernando Primo de Rivera, un general que comprendió la necesidad de negociar. A cambio de la rendición prometió iniciar un proceso de reformas entre cuyos puntos figuraba la igualdad entre nativos y españoles, autonomía económica para el archipiélago, expulsión de las órdenes religiosas y diputados propios en las cortes españolas.
Finalmente, el 23 de diciembre de 1897, Primo de Rivera y los rebeldes firmaron la paz de Byak-nabató. Los líderes independentistas como Emilio Aguinaldo, emprendieron el camino del exilio, no sin antes recibir dinero del gobierno español con el fin de asegurar su subsistencia en el extranjero. La paz, después de muchos esfuerzos, parecía asegurada. Fue entonces cuando entró en escena un actor imprevisto, Estados Unidos.
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