Durante su gobierno, los españoles lucharon contra varias rebeliones indígenas y múltiples desafíos externos como los piratas chinos, neerlandeses y portugueses.
Los siglos de dominación española no fueron siempre tiempos de paz. Hasta 1896, las tropas españolas, que también nutrían sus filas con regimientos isleños, resolvieron los levantamientos contra la ocupación sin excesivos problemas. Pero el germen de la revuelta estaba sembrado. Las manifestaciones de descontento se canalizaron a través de la aparición de determinadas asociaciones en la última década del siglo XIX. Unas tuvieron un carácter vagamente autonomista y hallaron simpatías entre los demócratas y los masones españoles, como la Liga Filipina, fundada por José Rizal en 1892.