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El mandato español contribuyó a lograr la unidad política por primera vez en el archipiélago. Las islas recibieron primero el estatus de gobernación y más tarde el de Capitanía General. Desde 1565 hasta 1821, la Capitanía General de las Filipinas fue gobernada como un territorio de la Nueva España y, a continuación, se administró directamente desde Madrid después de la Guerra de Independencia de México. Manilla fue la Capital de esta Capitanía. Desde aquí, España controlaba otros de sus territorios en el Pacifico, entre los que se incluían Guam, Palaos, las Islas Carolinas y las Islas Marianas. Entre los siglos XVI y XIX, el galeón de Manilla comunicó a la capital del territorio con Acapulco, realizando un viaje una o dos veces al año.
Hacia mediados del siglo XVIII existían 24 provincias, de las cuales 19 eran alcaldías mayores y 5 corregimientos*.
*Corregimientos: Un Corregimiento es una división territorial o población dirigida por un corregidor o “Representante”. También del mismo modo se designa el ejercicio de las funciones de corregidor, como el territorio jurisdiccional donde estas se ejercen.