El metatarso del hombre de Callao , que fue datado por el método del uranio-torio en 67 000 años de antigüedad, reemplazó al Hombre de Tabon como los restos humanos más antiguos hallados en el archipiélago filipino.Los negritos estuvieron entre los primeros habitantes de las islas, pero la fecha de su aparición en Filipinas aún es discutida. Hay varias teorías sobre los orígenes de los primeros habitantes de las islas. F. Landa Jocano sugiere que los antepasados de los filipinos actuales surgieron y se desarrollaron localmente. La teoría del origen isleño de Wilhelm Solheim postula que el poblamiento del archipiélago se dio a través de las rutas de comercio que provenían de la zona de Sonda alrededor de los años 48 000 a 5000 a. C., en vez de una migración a gran escala. La teoría de la expansión austronesia afirma que varios grupos malayo-polinesios procedentes de Taiwan comenzaron a migrar a Filipinas alrededor del 4000 a. C., desplazando a los primeros pobladores. Cualquiera que sea el caso, para el año 1000 a. C., los habitantes del archipiélago se habían organizado en cuatro tipos de grupos sociales: las tribus de cazadores-recolectores, sociedades guerreras, plutocracias pequeñas y principados con centro en los puertos marítimos.