Una mapa del Imperio Inca a través de su historia antes de la conquista español (University of North Carolina at Penbrook).
En 1532 un grupo de 150 conquistadores dirigidos por Francisco Pizarro capturaron el emperador Inca Atahualpa. La captura de Atahualpa causó la caída eventual de su imperio que a su apogeo se extendió desde el centro de Ecuador hasta la capital moderna de Chile. Diez años después la corona de España estableció el Virreinato de Perú. Este Virreinato incluyó la mayoría de todas las colonias españoles en Sudamérica.
En la mitad de la década de 1550 el virrey de Perú fue el marqués de Cañete. En esa época la mayoría del población Inca estimada de 12 millón se habían matado por enfermedades europeos como viruela o los métodos crueles empleado por la minería de plata. La población español todavía era pequeña, sólo un par de mil de personas. Entre ellos la mayoría fueron hombres. Venían de todas partes de la península Ibérica y de todos clases sociales. Fueron sacerdotes, marineros, abogados, campesinos, artesanos y hidalgos entre otros. Muchas fueron hijos menores quien no había heredado nada en el viejo mundo.
Las dos ciudades mas importantes en esa época fueron Cuzco y Lima. Cuzco se encuentra en las alturas de las Andes. Sería una viaje muy duro y largo entre ella y la nueva capital español en Lima. Antes de la conquista español fue la capital del Imperio Inca y durante el reino del marqués de Cañete la mayoría de la población todavía era Inca. Pizarro decidió que Cuzco estaba demasiado lejos del mar para que fuera la capital. Lima por otro lado es justo en la costa Peruano, mil kilómetros al noroeste de Cuzco. En 1550 Lima sólo era una puerta pequeña pero la mayoría de la población español vivía allí. La ciudad sólo fue trece cuadras de largo y trece de ancho y su economía como la economía de todo el Perú español se basó en la exportación de plata.
Había mucho conflicto en el Peru del siglo XVI. Desde 1544 hasta 1548 el hermano de Francisco Pizarro, Gonzalo Pizarra luchó contra las fuerzas de la corona en las Américas. Lope de Aguirre haría su propio rebelión algunos años después.