En 1524 estalló en Alemania un conflicto social y religioso que enfrentó a campesinos y terratenientes. Estas revueltas estuvieron lideradas por Thomas Müntzer, un teólogo y predicador que se había sentido atraído por las teorías reformistas. Sus doctrinas y prácticas son más radicales y de carácter revolucionario, creó una sociedad secreta de campesinos y mineros. Estas prácticas hicieron que las autoridades civiles Zwikau dónde era pastor le expulsaran. Estuvo en Bohemia donde intentó que los husitas se adhirieran a sus doctrinas. Volvió a Alemania donde chocará con Lutero en Wittenberg y se dedicó a predicar sus doctrinas por las ciudades alemanas.
En 1524 Müntzer se encontraba en Muhlhausen y se colocó al frente de la revuelta campesina. Denunciaban la opresión que los nobles imponían a los campesinos. Redactaron un manifiesto en el que organizaban sus demandas en 12 puntos. A lo largo del manifiestp Lutero aparecía mencionado como posible mediador entre los contendientes a lo que respondió publicando “Exhortación a la paz a propósito de los doce artículos de los campesinos”. En esta obra Lutero reconoce las culpas de ambos bandos y propone un acuerdo pacífico. Pero los conflictos continuaron, lo que enfadó al Reformador que lo había visto de primera mano en Eisleben así que escribió con un tomo muy agresivo “Contra las hordas asesinas y ladronas del campesinado”, donde condenaba la revuelta. La batalla definitiva se celebró a las afueras de Frankenhausen y unió a nobles protestantes y católicos contra los campesinos sublevados. Los nobles arrasaron a los campesinos y se ensañaron con ellos, Müntzer fue declarado responsable, condenado y ejecutado públicamente en Muhlhausen.
La implicación de Lutero en el conflicto trajo graves consecuencias para la Reforma. Las clases bajas de la sociedad se sienten desencantadas con Martín debido a la postura que tomó dentro del conflicto y comienzan a separase de su causa. Ante esto Lutero escribió una carta abierta al canciller de Mansfield, Gaspar Muller, justificándose y explicando sus ideas políticas sobre cómo deberían gobernarse los estados y el papel de los cristianos.