El conflicto de las Germanías se inicia en la ciudad de Valencia, que tiene mucha riqueza. Su origen es el malestar económico de la clase menestral valenciana dedicada a las actividades artesanales y al comercio. El sistema artesanal valenciano se basaba en el sistema gremial: producción muy rígida, horarios rígidos y producción sujeta a la demanda, es decir, no crear grandes stocks de artículos que luego van al mercado. También depende de la cantidad de materias primas.
Este sector era muy fuerte. Los mercaderes italianos introducen las materias primas para luego llevarse los productos a Italia y al resto de Europa. El modelo rígido se resquebrajó y algunos maestros gremiales se enriquecieron. Estos entran en las bolsas de instauración de los ciudadanos, formando parte del Consell de la Ciutat, interviniendo en el gobierno de la ciudad, dictando normativas que les benefician y elegidos mediante el sistema de la insaculación. Otros gremios no serán favorecidos por la entrada de materias primas, quedando empobrecidos. Muchos maestros y oficiales sufrían el malestar económico y reivindicaban una mayor participación en los órganos de gobierno de la ciudad, dominados sobre todo por los nobles y los caballeros.
El malestar venía de lejos pero una seria de circunstancias casuales hicieron que se produjera en Valencia la rebelión en 1519:
- Noticias en el reino de una invasión de piratas berberiscos a las costas de Valencia con el consiguiente peligro de que cercaran la ciudad.
- Brote de peste en Valencia que atemoriza a la ciudad. Las autoridades huyen y queda un vacío de poder. El pueblo es dirigido por los maestros descontentos ante la inminencia de un ataque berberisco.
- Carlos V, que tenía que haber venido a ser reconocido como rey en las Cortes Valencianas no viene porque en Barcelona se entera de que su abuelo había muerto y es candidato al Imperio. Se vuelve a Valladolid para conseguir dinero y viajar a Alemania para ser nombrado emperador, sin pasar por Valencia, haciéndole un gran feo a la ciudad.
Con esta situación, los valencianos se arman ante un ataque berberisco que no se produce y los agermanados, sintiéndose fuertes llevan a cabo una revuelta en la ciudad, solicitando la entrada de los gremios menores en el Consell. Esta posición se radicaliza y los agermanados crean la Junta de los Trece para gobernar la ciudad y cambiar las leyes, convirtiéndose en una República como la de Venecia.
La insurrección se propaga a otras ciudades del reino, muchas ciudades se agermanan. La nobleza huye y pide auxilio a los monarcas. Existen dos facciones: clases desposeídas urbanas y la nobleza urbana.
Pero esta lucha se traslada al campo y los campesinos cristianos viejos se levantan contra sus señores. Y la nobleza urbana se les una la facción agraria de la nobleza, que tiene a los mudéjares como fuerza de choque. El conflicto se generaliza y se extiende por todo el reino de Valencia.
En la primera batalla se enfrenta a los cristianos viejos desposeídos de las ciudades contra la oligarquía y los caballeros y terratenientes (más ayuda mudéjar). Los agermanados consiguen la victoria en un señorío y derrotan a los nobles y quieren bautizar por la fuerza a los mudéjares, que lo hacen y pasan a ser cristianos nuevos, es decir, moriscos.
Este celo de los agermanados se debe a que querían ganarse a la Iglesia para su causa. Esto no es nada descabellado, aunque también existe la idea de que muchos agermanados, muchos cristianos vasallos del régimen señorial, actuaron así para socavar las bases de la economía de la nobleza. Deciden bautizar a los mudéjares porque los consideraban como infiltradas dentro del mundo laboral agrario. Éstos pagaban más al señor y cobraban menos, lo que sirve también al señor para explotar a los cristianos viejos. Al convertirse los mudéjares en cristianos, éstos reivindicarían una situación, más benévola. Esta teoría también es posible.