El resultado de los bautizos forzosos fue catastrófico para el futuro de las gentes porque los agermanados fueron derrotados por las tropas del rey y duramente reprimidos, pero el problema que dejan con el bautismo era, desde el punto de vista religioso, muy conflictivo porque los mudéjares ya no era tales, pasando a ser cristiano y, por tanto, quedaban bajo jurisdicción de la Iglesia. Esta debía seguir instruyéndolos en el cristianismo para que no se convirtieran en apóstatas.
Entre 1522 y 1523 hubo una conferencia de teólogos para tratar la cuestión y llegaron a la conclusión de que la solución era adoctrinar a los bautizados y bautizar a los que no lo estuvieran todavía. El problema estaba en la ruptura del pacto entre la Iglesia y la nobleza de Aragón. Carlos V se encuentra en una situación delicada, pero las presiones de la Iglesia son más fuertes hacia la evangelización.
Carlos V pide al Papa que de exima del juramento hecho por su abuelo Fernando en la Cortes de 1510. El Papa emite la bula “Idcirco Nostris” (1524) liberando a Carlos V del dicho juramento. El monarca tiene permiso para la conversión de los mudéjares de la Corona de Aragón. Las consecuencias de esto fueron perjudiciales para la paz de los reinos y dan lugar al comienzo auténtico del problema morisco en la Corona de Aragón.
Los mudéjares no bautizados se rebelan contra los cristianos y se suben a la montaña para hacerse fuertes. Carlos V manda al ejército para someterlos y convertirlos. La nobleza valenciana reacciona, se une al ejército e intenta pactar con los rebeldes para evitar que se produzca una masacre y convencer a los mudéjares de que bajasen y siguiesen con sus tareas laborales en las propiedades señoriales. Esto tiene buenos resultados, se les promete mucho y se les obliga a la conversión.
El problema morisco acaba con la coexistencia pacífica desde la reconquista (1526). Las reconversiones forzosas acentuaron los fundamentos de la resistencia morisca porque al morisco se le obliga a vivir como cristiano pero a pagar como moro. No tiene las ventajas del cristiano y sigue con el mismo régimen de sujeción a la tierra.
En un intento de suavizar la situación, el Papa promulgó un breve en 1531 en el que propone que los señores no cobrasen más derechos a los vasallos moriscos que a los cristianos viejos. Esto iba contra los intereses de la nobleza, así que hizo caso omiso. Entre 1526 y 1531 las bases de la resistencia morisca quedan reforzadas debido a esta nueva discriminación que se contrapone a la asimilación cultural que quiere la monarquía.
Los moriscos sienten un gran apego a su antigua religión, que se ve aumentado por la coincidencia nacional del vencido. Utilizan su religión como seña de identidad, de resistencia nacional. A esto contribuye:
- La propia índole de las creencias coránicas que fundamentan la religión islámica. Creencias que, al margen de las cuestiones dogmáticas, impregnaban la vida cotidiana de la comunidad. El islamismo es una religión, pero también una cultura, con raíces históricas, difícil de erradicar.
- La religión islámica tiene una característica peculiar que ayuda a la resistencia y a seguir aferrados al Islan pase lo que pase. La taquilla es una coartada moral que el Corán concede al musulmán en caso de peligro. El musulmán puede convertirse a otra religión si se ve forzado sin tener escrúpulos de conciencia siempre que, soterradamente, siga practicando en secreto la religión de Mahoma. Esto lo hace para conservar sus señas de identidad.
Las primeras conversiones no han supuesto nada dentro de la sociedad morisca: siguen usando la ropa islámica, su lengua, conocida por los cristianos como algarabía, y continúan con un ritmo de vida marcado por su calendarios de fiestas y celebraciones, como dejar de trabajar los viernes, celebrar sus oraciones diarias…
Ante la resistencia a la asimilación, la Iglesia empleará unos métodos para adoctrinarlos, pero que se mostrarán inadecuados e insuficientes. Estos métodos, que fracasan, son:
- Campañas Misionales à son llevados a cabo por sacerdotes o miembros de las órdenes religiosas a instancias de los obispos. Estas son esporádicas, duran 10 o 15 días. Los predicadores van a los pueblos moriscos a enseñar sus doctrinas. Un problema es que estos desconocen la lengua morisca. Las evangelizaciones son muy tenues y los señores no colaboran, ya que no les interesa que se evangelicen.
- Crear centros estables de catequesis à se crearon muchas parroquias, pero esto es complicado, convirtiendo mezquitas en Iglesias, lo que es costoso, y creando bienes para la manutención de los párrocos. El obispo no siempre posee una renta suficiente para crear esto y la nobleza y los propios moriscos, oponen su resistencia.
Es insuficiente la asimilación cultural y religiosa de los moriscos entre 1524 y 1609, fecha en la que son expulsados de España. El problema morisco aparece en Valencia pero se extiende a Aragón y principado de Cataluña. La misión de las campañas misionales a los largo de la Edad Moderna es convertir a los cristianos nuevos y ciudades españolas, evangelizarlos con mayor intensidad y reavivar también la fe religiosa sobre lo cristianos viejos.
Estos medios de evangelización fueron un fracaso y contribuyeron a que los moriscos presionados decidiesen emigrar clandestinamente en embarcaciones de piratas berberiscos al norte de África. No se puede evaluar la importancia de estas migraciones, pero se sabe que entre 1526 y 1609 fueron muchos los que abandonaron el país. Hay noticias de que se está dando una sangría de población morisca a lo largo de este periodo.