Ya hemos visto la ideología religiosa de los franciscanos, así como la imagen que tenían de los indios de América. Pero ¿cómo conjugaron ambas cosas en una visión utópica? Para empezar: con el apoyo de la monarquía. Y éste, por supuesto, no era simplemente por mera devoción religiosa… al final se entenderá por qué. Además, la Orden Franciscana estaba ya a un paso de la modernidad, y se movía cómodamente en una época en la que el pensamiento estaba impregnado tanto de medievalismo como de renacentismo. En una compleja sociedad aún regida por el honor, también había sitio para una utopía religiosa de tintes ascéticos y aspiraciones igualitarias.
El misionero Jerónimo de Mendieta es la cabeza más visibile de la actuación franciscana en el Nuevo Mundo. No se documenta otro con un valor tal como para pedir abiertamente a los obispos que se dejen de lujos, entreguen sus bienes y descubran que el ascetismo y la humildad son la verdadera religiosidad. Pero no hay que creer que el contenido de este pensamiento franciscano era simplemente religioso, sino que era decisivamente político, tanto en sí mismo como por la unión entre ambos campos que se llevaba a cabo en la Conquista del Nuevo Mundo. La religión es sólo el fin principal de las sociedades que allí se organizan, pero para llegar a ella hay que trabajar con medios terrenales. El elemento práctico clave es la separación de indios y de españoles, para que los primeros no se contaminen de los segundos. No en el sentido literal (aunque ya sabemos que la propagación de enfermedades fue la causa primera de la aniquilación de los indígenas), sino cultural. Había que salvaguardar a toda costa la pureza de los indios, porque era necesaria para conseguir los objetivos. Se habla, incluso, de un propósito oculto: expulsar a los españoles no eclesiásticos para que la utopía pudiera seguir sin problemas su curso. En todo caso, las comunidades de indios que se separan quedan bajo gobierno franciscano, una actividad paternalista ejercida más mediante la dirección que la coacción. Pide el padre Mendieta que el rey se sirva «de nosotros para que Dios nuestro Señor se sirva, haciéndonos padres de esta mísera nación y encomendándonoslos como a hijos y niños chiquitos para que como a tales (que lo son) los criemos y adoctrinemos y amparemos y corrijamos, y los conservemos y aprovechemos en la fe y policía cristiana». Este gobierno paternal, si logra el funcionamento pleno (la realización de la utopía), apenas necesita fuerza armada, más allá de algunas torres con soldados para salvaguardar la autoridad monástica y, con ella, la del rey. A pesar de esto, algún cronista entregado llegaba a decir que ya simplemente los conventos instalados eran más seguros y protectores que cualquier castillo.
Para ejercitar este gobierno, los franciscanos necesitan la plena autoridad, «que si con ellos no se tiene toda autoridad, no se tiene ninguna y si no los tiene muy debajo de la mano y sujetos, no hay mano para con ellos». ¿Cuál es el fundamento de esa autoridad que reclaman? El derecho natural, por supuesto, que es el mismo que el divino y que el humano. Siguiendo a las utopías inspiradas por el humanismo, se aspira a una magistratura basada en la equidad, cuya justicia emergería por sí sola al ser quien ejerce el gobierno un hombre bueno y recto, «que tenga más de prudencia y buen juicio que no de ciencia de Digestos y Código, los cuales les han hecho más daño que provecho». Los letrados están prohibidos en su territorio, son un ejemplo andante, peligroso y contagioso de la corrupción europea. El juez se conducirá guiado por la moral que ha trabajado en su interior, de forma que «corte absolutamente por donde según Dios y buena razón le pareciere». Queda así rota toda autoridad del Derecho humano.
Llegamos al análisis del poder, que es lo que casi siempre está detrás de todo. No hay que olvidar que los franciscanos actúan, en general, con el beneplácito de la monarquía. Dado que el origen de ésta es divino, los virreyes, que son sus delegados, pueden hacer cualquier cosa que responda a mandatos divinos, sin necesidad de contar con la ley. Es una apología en toda regla del poder absoluto. En última instancia, la autoridad del virrey no es originaria, sino que es subordinada de la soberanía real. Mendieta, tan beligerante en tantas cosas, no tiene nada que objetar a las decisiones del rey, «por depender todo lo espiritual y temporal destas partes de sólo V.M.». Era un aliado directo del propio Felipe II. Así, más allá de su indudable sentido religioso, la utopía político-religiosa de los franciscanos tuvo como función justificar el poder absoluto de la monarquía. Motolinía, sin embargo, es más astuto (y tal vez ambicioso) en este sentido y retuerce estas argumentaciones para concluir, subrepticiamente, de manera velada, que las colonias americanas necesitan la independencia para funcionar como deben.
Los franciscanos tenían la evangelización como fin, pero ésta era consecuencia de una buena organización social. Pese a que hay quien ha interpretado estas sociedades como «escuelas monásticas», el propio Mendieta advierte que los resultados esperados sólo llegarán «en un lugar donde no se dará ni la pereza ni la indigencia». Además de cantar alabanzas a Dios, se realizaba un trabajo productivo que mantenía en pie la utopía.