En su Tratado de Remedio de Pobres, Miguel de Giginta, enumera las características que estas casas de misericordia debían tener: sencillez arquitectónica, sencillez administrativa y eliminación de exámenes de pobreza y vida, siendo voluntario el ingreso y la marcha de los pobres.
Estas tres características eran una crítica patente de las instituciones para pobres que existían en ese momento.
Los pobres que ingresasen en las casas irían a pedir limosnas con los distintivos que indicarían que pertenecían a la casa, y una vez realizado su tarea, volverían para depositarlas.
Por otro lado, el proyecto pedagógico que se desarrollaría en las casas se basaría en tres elementos: instrucción, mediante la cual se enseñaría doctrina, oficio y letras, trabajo y “recreación”.
La primera casa de la misericordia se abrirá en Toledo en 1580, gracias al apoyo del cardenal Gaspar de Quiroga. Al abrirse el hospital se prohibió la mendicidad en la ciudad. Giginta, consiguió la aprobación real tras esta primera experiencia positiva y abrió una nueva casa en Madrid al año siguiente. Se fundaría otra en Granada, pero parece ser que no duraría mucho. En el resto de ciudades de Castilla no prosperó el proyecto, sin embargo, en 1583 se fundaba la de Barcelona.
Pero la dificultad para la financiación hace que la experiencia no resulte y las casas se ven obligadas a cerrar, ante la pauperización creciente de las clases populares, las limosnas obtenidas no eran suficientes. Sólo sobrevivirá el Hospital de Barcelona, que ha pervivido hasta nuestros días con diferentes adaptaciones.
Durante el siglo XVII, se fundarán otras Casas de Misericordia, en Valencia o Zaragoza.
Una de las grandes diferencias de la propuesta de Miguel de Giginta con respecto a los remedios de pobres de la época, es que serían laicos los que se encargasen de la administración de las casas. Esa podría ser una de las causas por las que algunos conventos religiosos se oponían a su creación.