Como para muchas ciudades, el siglo XVI supuso para Burgos su plenitud. A cambio de los siglos anteriores cuando reinaba la agricultura, este siglo permite un verdadero torno hacia el comercio. La ciudad de Burgos aprovecha su situación geográfica.

El Consulado de Burgos consiguió a tener una gran importancia a principio del siglo XVI en cuanto a los puertos que traficaban con el atlántico. En esta época, los consulados eran órganos rectores del comercio. Tenían como papel agrupar a las corporaciones profesionales de las gentes del mar en defensa de sus intereses, y para resolver las cuestiones conflictivas que pudieran surgir, constituían un tribunal especia.

 Eventos como las guerras de Flandes, el descubrimiento de América, el traslado de la capital a Madrid, el desarrollo de Sevilla hacen que la ciudad se desintegra al final del siglo. También la peste castigo la población de Burgos haciéndola disminuir. De hecho, los caminos y vías de comunicación se estropearon llevando Burgos en una situación de gran aislamiento y sopor hasta el siglo XVIII. Esa crisis se refleja en un escrito guardado en el Archivo Municipal, que dice: “La Ciudad esta tan despoblada y sin gente, que la que hay se sale a vivir fuera, por no poder sustentarse y están las casa y edificios casi todos arruinados y por el suelo”.