Nació en el año 1520 en Burgos. Estuvo directamente vinculado con el movimiento de la Reforma que por aquel entonces se propagaba por toda Europa. Estudió durante dos años en la universidad de Lovaina bajo el magisterio de Luis Vives, pero en 1541 se traslada a Wittenberg con cartas de presentación para Lutero y Melanchton, y en casa de este último se hospeda, matriculándose en la universidad de Wittenberg con el nombre de Franciscus Dryander Hispanus (Dryander significa “encina” en griego).
Philipp Melanchton anima a Francisco de Enzinas a traducir el Nuevo Testamento al castellano a partir del texto griego. Hasta entonces nadie había acometido una empresa así, si exceptuamos la versión que Alfonso X el Sabio hiciera en el siglo XIII, pero dicha versión, además de ser más bien una paráfrasis que una traducción, no había sido divulgada.
Para su tarea, Enzinas toma como base el Nuevo Testamento griego que Erasmo había editado, y en año y medio concluye su obra. A continuación se traslada a Lovaina para la impresión de la misma. Sin embargo, las cosas en Lovaina se han puesto muy difíciles ya que varios sospechosos de simpatizar con la Reforma han sido decapitados o quemados. Por su traducción del Antiguo Testamento llega a ser encarcelado por la Inquisición.
Francisco de Enzinas muere el 30 de diciembre de 1552 a los 34 años de edad, a consecuencia de una epidemia de peste que se propagaba por Estrasburgo. Su esposa Margarethe sucumbe a la enfermedad el 1 de febrero de 1553.