Entre 1482 y 1492 tiene lugar la guerra de Granada y la participación de Gonzalo Fernández en ella. A punto de cumplir treinta años, Gonzalo entra en la vida pública de servidor de la corona en la guerra de Granada. Ante los acontecimientos bélicos y las medidas del rey, pronto comprendería la distancia que media entre los tratados caballerescos y la realidad. Pero todo sucede puntual y vertiginosamente, como en hitos inexcusables. Entre 1481 y 1485, y con la idea clara de que se ocuparían ciudades, plazas fuertes y castillos, junto al azuzamiento de los conflictos internos de la familia real granadina, se da un importante y decisivo empuje al conflicto.
Otro trienio más, de mayo de 1486 a febrero de 1489, y la guerra se acerca casi a su clímax. En este segundo trienio caerán para los cristianos Loja e Illora; en la primera Gonzalo acabará sus días, en la segunda ejercerá como alcalde.
Asimismo, tuvo lugar en este trienio el episodio de la escaramuza en el campo de Almorava, a las afueras de Granada, la primera hazaña importante de Gonzalo y el campo donde, ya convento jerónimo, muchos años más tarde reposaran sus restos mortales.
La guerra de Granada continúa, pero de una forma sórdida y poco clara. Gonzalo en Illora prosigue sus acciones bélicas, pero también frecuenta la amistad con Boadil; defendiendo el diálogo entre cristinos y musulmanes será el héroe de las calles de Granada.
En esta línea de actividad militar y política, entre 1487 y 1489 Gonzalo se muestra como negociador y cree que la mejor solución para Granada es el pacto con beneficiosas consecuencias económicas, y no la guerra frente a Boadil, justo lo contrario de lo que opina la línea de la casa real.
Este segundo trienio de la guerra de Granada termina con una noticia que afecta a la vida personal de Gonzalo: La celebración de su segundo matrimonio con Dª. María Manrique, con el que Gonzalo volvía a ser el sutil cortesano de diez años antes, sobre todo por la dignidad social que su nueva esposa le entregaba.
En la primavera de 1489 la corte anunció la nueva campaña militar, iniciándose en abril el asedio. A fines de este año se rinde Baza, y poco después Almería y Guadix. En 1490 comienzan las difíciles negociaciones de uno y otro lado para la paz, con Gonzalo como uno de los interlocutores, y en el verano de 1491 empieza el asedio a Granada desde el construido campamento adhoc de Santa Fe. Las negociaciones terminan con la toma de Granada el uno de enero de 1492.