Contrato matrimonial entre Juana y Felipe el Hermoso (1495). Archivo General de Simancas.
Los Reyes Católicos(padres de Juana) mantuvieron unas relaciones excelentes con Maximiliano durante su etapa como gobernador de Flandes, por este motivo decidieron en 1490 iniciar las negociaciones para concertar el matrimonio de sus hijos, el príncipe Juan y la infanta Juana, con los hijos de éste, Felipe y Margarita. Aunque este primer intento no fructificó por la oposición de Carlos VIII de Francia, en 1494 dieron nuevamente comienzo las negociaciones. Nada tuvo que objetar Felipe III al respecto, puesto que la unión podía reportar importantes beneficios a sus Estados, a pesar de las diferencias que sostenía con su padre. De este modo los primeros acuerdos para llevar a cabo dicho matrimonio fueron firmados el 20 de enero de 1495 y el 5 de noviembre quedó sellado definitivamente el contrato matrimonial.