La fundación de la Universidad de Valencia debemos relacionarla con un proceso expansivo del ámbito cultural que afectó de forma general a las Coronas de Castilla y Aragón. Su origen se remonta al siglo XVI con una fuerte vinculación al municipio, el cual se encargaba de financiarla junto con las aportaciones eclesiásticas y el pago de las matriculas por parte de los estudiantes, la Universidad de Valencia acogerá un fuerte movimiento humanista debido a los numerosos contactos con el exterior y la afluencia de catedráticos formados en otras universidades.
Sin embargo, desde mediados de siglo XVII la Universidad se vio afectada por el aislamiento de la ortodoxia contrarreformista promovida desde el Concilio de Trento algo que afectó tremendamente a la ideología humanista e impidió una mayor apertura al movimiento de renovación científica que estaba imperando en Europa. Por otro lado, la filosofía se sometió a los preceptos teológicos y los estudios históricos se limitaban casi en su totalidad a las hagiografías (vidas de santos).
En el siglo XVII la Universidad de Valencia (Estudi General) promulgó una serie de ordenaciones para reglamentar aspectos de la enseñanza que hasta el momento no habían tenido cabida. En cuanto al ámbito científico, la actividad era bastante escasa debido al desconocimiento de la mayor parte de las corrientes científicas y filosóficas a pesar de que se mantuviera el nivel de las enseñanzas de anatomía y botánica.
Paralelamente, tuvieron lugar una serie de problemas en el seno interno de la organización universitaria que conllevó a un descenso del alumnado extranjero por lo que la mayoría de graduados a mediados del siglo XVII eran de origen valenciano.