En el transcurso de los siguientes siglos, el comercio con los pueblos marítimos y otros países asiáticos trajo consigo la influencia del Islam, el budismo y el hinduismo. Durante este tiempo no hubo ningún Estado político unificador que abarcara todo el archipiélago filipino. En su lugar, las islas estaban divididas entre varias talasocracias que a menudo luchaban entre sí, gobernadas por varios  datus, rajas o sultanes. Entre ellos estaban los reinos de Manila, Namayan   y Tondo; los rajanatos de Butuan y Cebù y los sultanatos de Maguindanao y Sulu. Algunas de estas sociedades fueron parte de los imperios malayos de Srivijaya,Madjapahit y Brunéi. El islam llegó a Filipinas por medio de comerciantes y algunos  proselitistas provenientes de Malasia e Indonesia.De este modo, en el siglo XV, el mahometanismo se estableció en el archipiélago Sulú, mientras que en 1565 ya se tiene constancia de que había alcanzado Mindanao, Luzon y las Bisayas.