Según algunas fuentes, se les considera gentes de ascendencia goda que despues de la invasión musulmana y franca quedarón aisladas en los Pirineos sin nulo o escaso contacto con otras gentes. El nombre podriá proceder del Bearnes “cas-gots” (perros godos) y por contracción “cagots” y de ahi “got” (godo).
Para otros autores, como J.Altadil, “agote” significa confinado por enfermedad de la boca, y “Bozate” confinado por afonía, o confinamiento de afonícos.
Se les ha llamado: cagots, agots, agotak, gafos, crestias, leprosos, mesilleros, chistones o chistrones, lazdres, mesegueros, gezitas, patarinos, carpinteros, cristianos de San Lazaro, colliberts, gahets, oiseliers … etc.
Según Pio Baroja eran de, “cara ancha y juanetuda, esqueleto fuerte, pómulos salientes, distancia bicigomática fuerte, grandes ojos azules o verdes claros, algo oblicuos. Cráneo branquicefálo, tez blanca, pálida y pelo castaño o rubio; no se parece en nada al vasco clásico. Es un tipo centro-europeo o del norte. Hay viejos de Bozate que parecen retratos de Durero, de aire germánico. También hay otros de cara más alargada y morena que recuerdan al gitano”.
Según Cenat Moncaut “son de cabeza grande, cuerpo raquítico, piernas torsas, bocio, mirada indecisa y apagada, palabra vacilante”. Este aspecto lo relaciona con el hambre y la miseria, y la abundancia de agua de las altas montañas que ocasionaria el bocio.
Michel Francisque, los vé descendientes de los godos, con rostro blanco colorado, pelo rubio, ojos azules grisaceos, frente convexa, lóbulo hinchado y redondo, y también sin lóbulo en las orejas. Esta última es una de las caracteristicas más extendidas sobre sus personas para su reconocimiento como agote. Se atribuye esta carencia lobular al hecho de haber nacido de noche.
Otros autores consideran a los agotes como comunidades cátaras huidas de Francia y que se escondierón en los Pirineos para escapar del rey de Francia y del Papa por su disidencia religiosa, lo que motivó un odio profundo hacia estas comunidades. Esta tesis no es muy acertada ya que la cruzada cátara comienza a principios del siglo XIII y la presencia de agotes ya existia con anterioridad.
Investigaciones mas recientes apuntan a que se trataría de una serie de delincuentes fugitivos de leproserías galas que se habrian refugiado en los Pirineos para escapar de la justicia.
Los agotes fuéron un pueblo que fué tachado de maldito en la época medieval, fuerón discriminados salvajemente por la ignorancia de sus vecinos, desde pueblo maldito, pasando por herejes, descendientes de leprosos, pactos con el diablo e incluso que tenian rabo.
Desde que se tiene constancia de su existencia han sufrido marginación social y religiosa hasta bien entrado el siglo XX.
En su origen maldito, podemos citar como causa principal la lepra, existia la lepra roja (la mortal), la lepra blanca (una afección cutanea, psoriasis tal vez) que se curaba y si no, existia la lepra moral. Según la Biblia, este mal de lepra moral, se recluia en el interior, y se dice que es hereditaria, entonces al pasar de padres a hijos ya no importaba lo demas, eran hereditarios de lepra moral con lo que eso implicaba.
El nombre cagot aparece por primera vez escrito en el Libro de oro de la catedral de Bayona, en el año 1260 (no hay que perder de vista que la quema de los cátaros en Montségur, ocurrió en el año 1244).
Un documento que ha llegado hasta nosotros es una Bula pontificia fechada el 13 de mayo de 1515, en la que se recomienda al Chantre de la catedral de Pamplona el examen de la petición que los agotes elevarón al Papa para que se les tratase como al resto de los fieles. La sentencia eclesiastica en su favor no surtió demasiado efecto en la práctica, como tampoco lo hicierón sendos decretos dictados en 1534 y 1548 por las Cortes de Navarra a favor de este grupo marginado.
En 1673, Pedro de Ursúa (defensor de los agotes) escribió un alegato a favor de alguno de ellos para que se les reconociera como originarios de Baztan.
El 27 de diciembre de 1817 se promulgó una ley por la que se suprimian todas las discriminaciones que existian, y se aprobaba la igualdad de derechos con sus vecinos de Arizkun, Baztan y Navarra.
La mayoría de los registros referentes a los agotes se corresponden con actas de bautismo, defunciones, donde la palabra agote aparece tras el nombre correspondiente, asi como actas matrimoniales, relaciones con el clero y la nobleza y demandas de comunidades agotes, quejandose como ya hemos visto del trato dispensado por el resto de los fieles.
Fuerón un pueblo muy odiado, se le atribuian toda clase de males y fechorias, y se llegó al extremo que para distinguirlos se les obligaba a llevar en la espalda, en sitio bien visible, una señal en forma de pie de gato de color rojo o una pata de oca, y tenían que hacer sonar una campanilla o unas tablas que se llamaban cliquetas en su recorrido para avisar de su presencia.
Las caracteristicas fisico-morales que se les atribuian junto con su origen desconocido hicierón de ellos una raza maldita, y como tal fuerón recluidos en barrios separados de los demás, no permitiendoles vivir en el pueblo mismo ni mostrar el escudo blasonado en sus fachadas, y mucho menos casarse con los naturales, sino entre ellos mismos. En la iglesia debian ocupar un lugar aparte, en el fondo, a la izquierda, debajo del coro, teniendo una pequeña puerta de acceso exclusiva para ellos (la llamada Agoten Athea). En los actos religiosos, se les trataba con todo tipo de discriminación: no podian acceder a la parte delantera de la iglesia, no pasaban por la pila de agua bendita (solian tener una propia), el monaguillo descendia a recibir su ofrenda, que se apartaba de las demás.
Se les daba la paz con el portapaz puesto al reves y cubierto con un paño. En algunos lugares se pretendia que ni se les diese la paz, sino dejársela en un banco donde ellos la pudierón tomar. No podian ser ordenados sacerdotes.
En Baztan, por ejemplo, no podían sentarse a la misma mesa que los naturales baztaneses, y en la iglesia de Arizkun una verja los separaba de ellos.
No podian cultivar la tierra, ni criar ganado, no podian andar descalzos bajo pena de abraserles las plantas de los pies con un hierro candente, ya que se decia que todo lo que tocabán se contaminaba (de ahi que fuera relativamente corriente que los agotes cojearan). No podian acudir a bailes y fiestas.
Exite un documento de 1597 que dice asi ¡¡ Cállate agote !! Tu opinión cuenta menos que la de un perro. ¡No eres nadie!.
Aun hoy en dia se encuentran lugares con la denominación de fuente de los agotes, barrio de los agotes, calle de los agotes, pues eran obligados a tener sus propias fuentes, barrios, calles e inclusos cementerios.
Sin embargo también hay testimonios a su favor, se decia que tenian alma de músicos, eran los txistularis, tamborileros y bertsolaris de las tierras navarras y destacarón como poetas.
Como todo lo que tocaban lo contaminaban ejercian los oficios de carpintero, sepultureros, canteros ya que entonces se creian que estos materiales no transmitian la enfermedad. Si bien estos oficios los pudierón realizar conforme el paso del tiempo.
En algunos lugares se les obligó a llevar sobre el hombro una pata de oca de color anaranjado.
Hacian también tornillos de prensa, carrocerias, bancos, la parte mecánica de los molinos, elevarón campanas, construyerón naves e hicieron puentes. También hacian las sogas para los ahorcamientos y la gente no agote no querian ser carpinteros por temor a ser confundidos con ellos. No eran pues siervos, gozaban de la protección de la iglesia y de una libertad en términos muy restringidos. Estaban libres de perchas, pero también de derechos vecinales.
Algunos autores suponen que los agotes al realizar trabajos manuales de carpinteria y canteria serian los constructores de muchas iglesias y fortalezas regidas por los templarios, ya que según estos al ser un pueblo maldito y excluido los agotes no hablaban y los conocimientos iniciaticos pasaban de padres a hijos en el mayor secreto. La orden del Temple fué la única orden que tenía una cierta relación con los agotes.
Según Eusebio Bartolome en su libro Nuevo Baztan “lo cierto es que, con la sospecha y el temor a la lepra, se les fué encerrando en un circulo moral y psicológico peor que el sanitario. Los tuvierón por leprosos. Las leyes les sentenciarón como a tales. Y la experiencia nos enseña que, cuando escasea la cultura y abunda la ignorancia, la inteligencia está muy despierta para inventar toda clase de cuentos y fábulas con que cargar las espaldas de los odiados.”
Pruebas a su favor de que todo lo que se decia era mentira, es que los agotes no morian de lepra, y eran buenos cristianos que acudian regularmente a misa, por lo que el san benito de que eran herejes o hacian pactos con el diablo era pura fantasia.
Hasta el siglo XIX, en España se exigió la presentación de un certificado de limpieza de sangre, para acceder a la Universidad, entrar en el ejercito, la iglesia o el funcionariado, en el que se hiciera constar que el poseedor del mismo no era judío, musulman, converso o agote. Este certificado en Francia, desapareció con la revolución.