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Los reinados de Felipe I y Felipe II de Portugal fueron relativamente pacíficos con referencia a Portugal, principalmente porque hubo poca interferencia castellana en los asuntos de Portugal, que seguía bajo la administración de gobiernos portugueses. A partir de 1630, ya en el reinado de Felipe III de Portugal, la situación tendió a una mayor intervención castellana y a un descontento creciente. Las numerosas guerras en las que España se vio envuelta, por ejemplo contra las Provincias Unidas (Guerra de los Ochenta Años) y contra Inglaterra, habían costado vidas portuguesas y oportunidades comerciales. Dos revueltas portuguesas habidas en 1634y 1637 no llegaron a tener proporciones peligrosas, pero en 1640 el poder militar español se vio reducido debido a la guerra con Francia y la sublevación de Cataluña.
La falta de respeto de los privilegios de la nobleza nacional se fue agravando. Los impuestos aumentaban, la población empobrecía, los burgueses estaban afectados en sus intereses comerciales, la nobleza estaba preocupada con la pérdida de sus puestos y rendimientos y el imperio portugués era amenazado por los ingleses y holandeses mediante la impotencia o desintereses de los gobernadores de los reyes españoles.
La gota que colmó el vaso fue la intención del Conde-Duque de Olivares en 1640 de usar tropas portuguesas contra los catalanes sublevados. El Cardenal Richelieu, mediante sus agentes en Lisboa, halló un líder en Juan II, Duque de Braganza, nieto de Catalina de Portugal. Aprovechándose de la falta de popularidad de la gobernadora Margarita de Saboya, Duquesa de Mantua, y de su secretario de estado Miguel de Vasconcelos, los líderes separatistas portugueses dirigieron una conspiración el 1 de diciembre de 1640. Vasconcelos, que sería defenestrado, fue prácticamente la única víctima. El 15 de diciembre de 1640 el Duque de Braganza fue aclamado rey como Juan IV, pero prudentemente se negó a ser coronado, consagrando la corona portuguesa a la Virgen María.
La conspiración de 1640 fue planeada por los hidalgos D. Antão de Almada, D. Miguel de Almeida y por el Dr. João Pinto Ribeiro entre otros.
El sábado 1 de Diciembre de 1640 entran en el Palacio de Lisboa, situado en la Plaza del Mercado, matando al secretario de Estado Miguel de Vasconcelos y aprisionando a Margarita de Saboya, duquesa de Mântua, que gobernaba entonces Portugal en nombre de su primo, Felipe IV. En su lugar aclamaron al Duque de Braganza como Rey de Portugal, con el título de Juan IV (1640-1656), dando inicio a la cuarta dinastía, la Dinastía de Braganza.
El momento fue bien escogido, ya que la casa de Habsburgo afronta en esa época los problemas derivados de la Guerra de los treinta años (1618-1648) y la Revuelta de los Catalanes.
La guerra
El esfuerzo nacional portugués se mantuvo durante 28 años, con lo cual fue posible vencer en las sucesivas tentativas de invasión de los ejércitos de Felipe IV. En 1668 se firmó el tratado de Lisboa de 1668 por el cual España reconocía la soberanía del país vecino. La victoria de los restauradores portugueses se debió en gran medida a la Sublevación de Cataluña, ya que todos los mejores soldados castellanos estaban ahí, así como a los esfuerzos diplomáticos de Inglaterra, Francia, Holanda y Roma por limitar el poder del Imperio español, mientras mantenían la guerra en Alemania, Guerra de los Treinta Años, así como la Guerra de los Ochenta Años en Flandes, que seguía con apoyo inglés y francés tras la Guerra anglo-española (1625-1630).
Paralelamente, las tropas portuguesas lograron expulsar a los holandeses de Brasil y de Angola y Santo Tomé y Príncipe (1641-1654), restableciendo el poder atlántico portugués.
