Felipe III tenía dieciocho años, y era necesario casarlo. A esta decisión llegó Felipe II, al ver a su único hijo varón vivo llegar a la mayoría de edad. Pero tenía que ser una mujer capaz, que supliera las claras deficiencias que ya demostraba el príncipe.
Para ello se centró en alguna de las hijas de su primo el archiduque Carlos, que tenía cuatro hijas posibles. En un principio la inseguridad del príncipe, hizo que se jugara a suertes quien sería su futura esposa, saliendo elegida por pura suerte Margarita. El rey al enterarse de esto monta en cólera, y decide elegir él mismo a su futura nuera, eligiendo a las dos mayores.
Esto se explica de la siguiente manera, el rey elige a la mayor, pero cuando van a establecer las negociaciones para el matrimonio se enteran de que ha muerto de gripe. Por lo que el rey elige a la siguiente en edad, pero vuelven a enterarse de que también a muerto, así que la siguiente en la lista era Margarita. Curioso que la que había sido elegida por pura suerte, terminase siendo elegida finalmente.
La reina de España cumplió con sus funciones maritales y maternales, lo que es digno de mención, ya que en su matrimonio tuvo ocho embarazos, quedando completamente débil y enferma, debido a los continuos excesos de sus prácticamente interrumpidos embarazos. Al final al ponerse de parto de su octavo hijo, la reina completamente exhausta termina muriendo, siendo seguida poco después por su último hijo.