Tampoco abundan las noticias sobre el Neolítico y las primeras etapas de conocimiento y práctica de la agricultura y la domesticación de animales. Solamente en la cueva del río Zatoya (Abaurrea Alta) se ha detectado un elemento propio del complejo mundo neolítico, la cerámica, pero el resto de la cultura material allí alumbrada es de un estadio anterior de grupos de cazadores.
Mucho más rica en hallazgos es, en cambio, la Edad del Bronce, lo que en principio sugiere un considerable desarrollo demográfico. Para esta fase cabe distinguir dos grandes áreas la Dolménica y la de los Talleres de Silex al aire libre, cuyos contornos cronológicos no están claros.
Tampoco pueden definirse tajantemente la primera en relación con una economía pastoril y la segunda con vida agrícola, aunque en muchos casos estas connotaciones pueden ser válidas.
En uno y otro ámbito parecen introducirse indiscriminadamente las cuevas (con 16 yacimientos conocidos) como lugares de enterramiento y habitación. Los dólmenes de los que hay detectados en Navarra más de 250, pudieron emplearse desde el Eneolítico o el Bronce I (los de Artajona) hasta el final de la Edad del Bronce e incluso en tiempos posteriores.
Las estaciones de silex, hasta unas 35, tienen también al parecer una larga cronología, desde finales del Neolítico hasta entrada la Edad del Hierro, pero la mayoría se inscribe en el Bronce
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