Durante los siglos XV y XVI, corrientes reformistas espiritualistas recorren Europa, con un marcado hálito utópico. Los franciscanos, imbuidos de esa idea de la reformatio interioris hominis, tienen la posibilidad de pasar a la acción en las Indias, para crear una sociedad nueva más allá de la decadente Europa. Allí se encuentran con unas personas primitivas, pero sin embargo personas, a partir de las que pueden construir su ideal. En un sentido poco metafórico, los consideran niños, y los misioneros son los padres que los guiarán hacia el buen camino: el de la fe y la buena vida religiosa. El Viejo Mundo ya apoyaba la tendencia ideológica hacia el cristianismo primitivo, a la que se suma el desagrado extendido hacia los poderosos, en este caso dirigido contra los obispos. Los franciscanos supieron aprovechar este clima favorable para sus aspiraciones a la restauración (y mejora) de ese cristianismo primitivo.
La personalidad de la Orden empatiza con la religiosidad subversiva del savonarolismo (controlando el exceso teocrático), adquiriendo así un fuste mayor, que además se puede verter con facilidad en las comunidades indias de América. Además de lo visto en el anterior párrafo, los franciscanos tienen en común con la doctrina de Savonarola la religiosidad interior, anteponiendo la virtud y la fe a las formas externas de expresividad religiosa; así, no importa si los indios no saben o no quieren seguir los rituales formales eclesiásticos. La exaltación de la pobreza y de la humildad son otra característica básica, ¿quién las ejemplifica mejor que los indios, buenos salvajes que viven la vida sencilla? El ascetismo monacal no es tan diferente de las condiciones en las que aquellos habitan sus cabañas. Fray Jerónimo de Mendieta sabe, a diferencia de Motolinía, que no es suficiente con compartir el mismo espíritu para obtener resultados. Por eso, decide constituir una Cofradía que obligue al cumplimiento de estas reglas, voluntariamente aceptadas. Su universalismo religioso no establece diferencias entre escalones de la jerarquía eclesiástica, ni entre culturas ni orígenes geográficos, sino sólo por virtud personal. Este es el germen ideológico de la organización social y política, de finalidad eclesiástica, que los franciscanos establecerán en territorios americanos. El sueño de una utopía religiosa puesta en práctica. Un utopismo distinto al de Moro, e incluso incompatible con él.
