Antonio Pérez entró en la política gracias a su padre, el año en que cumpló 13. Fue secretario particular del Príncipe Felipe II durante 14 años, hasta que Gonzalo Pérez falleciera. Así tomó en 1567 el puesto de su padre aunque no tuviera los mismos cargos : estaba encargado de los asuntos italianos, mientras los asuntos alemanes y flamencos les tuviera Gabriel Zayas. También estaba encargado del Despacho Universal en el Consejo de Estado.
A pesar de unas dificuldades iniciales, la inteligencia, la benevolancia y los convincentes modales de Pérez le ganaron la confianza de Felipe II. Con la confianza, aumentó también la influencia del secretario en su rey, lo que Pérez empleó en su propio provecho. Tan grande fue su influencia que su consejo tuvó mayor importancia en la marcha de Juan de Austria, hermanastro del rey a Flandes como gobernador. Le hizó adquirir al rey un recelo respeto a Juan de Austria, de este modo esté se hizó alejar de la corte.
Además, era parte del “partido ebolista”. El príncipe de Eboli teniá grande influencia en la corte de Felipe II y su partido le disputaba el poder con el “partido albista”, dirigido por Fernando Alvaréz de Toledo, duque de Alba. Ruy Gomez de Silva integró a Antonio Pérez a su partido muy pronto y cuando falleció en 1573, le pasó a encabezar esté. Gracias a Pérez, el partido fue aumentando influencia en la corte de Felipe II, hasta eclipsar la facción del duque de Alba.