A principios de 1579, la viuda y el hijo de Juan de Escobedo acusaron a Antonio Pérez y Ana de Mendoza ser los agentes del asesinato del hombre. Mateo Vasquez, secretario del Gabinete del Rey, era enemigo de Pérez porque reprobaba la influencia que esté tenía en el Rey. Entonces, apoyó a la familia de Escobedo y intentó demostrar la implicación del secretario real en la muerte del secretario de Juan de Austria.
Felipe II empezó por protegerle porque se sentía culpable pero cuando murió su hermanastro Juan de Austria y sus documentos llegaron a Madrid, descubrió la trama y los mentiras de Pérez y la total lealtad de don Juan. En julio 1579, ordenó la detención de su secretario y de la Princesa de Eboli. Ella fue recluida en su palacio y Pérez fue puesto en arresto domiciliario pero no dejó de trabajar.
En 1585, el Rey hizó abrir dos pleitos contra Pérez, en uno le acusó por su implicación en el asesinato de Escobedo, el otro por prevaricación. Juzgado por el presidente del Consejo de Hacienda, fue condenado por el segundo a diversas penas de prisión y a pagar una enorme multa. Trás algunos años de encarcelamiento, fue torturado y confesó ser el agente intelectual del asesinato pero dijó en sus Relaciones haber actuado por razones de Estado.
Antonio Pérez detenido, el partido “ebolista” perdió importancia y se vió el aumento de poder del gobierno de Granvel.