A mediados de 1590, con la ayuda de su mujer y de un amigo, Gil de Mesa, Peréz huyó de prisión disfrazado de mujer. Gil de Mesa le llevó a Aragón, donde se declaró aragonés porque sabía que podía tener privilegios y el apoyo de una justicia implacable. Estaba recogido en un convento de dominicos, cuando los oficiales de Felipe II le pudieron coger. Se acogió al “Fuero de Manifestación”, ley por la que debieron juzgarle por el Justicia de Aragón.
Fue condenado a muerte en Madrid pero en Aragón, se iban tratando el juicio lentamente. Por eso, el monarca decidió retirar los cargos y poner el juicio en los manos de la Inquisición, contra que aún los fueros de Aragón o la autoridad del Justicia no podían intervenir. Aunque no era hereje, construyeron un caso contra él, bajo este motivo. En mayo 1591, la Inquisición reclamó su traslado a su cárcel. Por ello, los seguidores del ex-secretario real se revoltaron, diciendo que habían violado las fueros aragoneses, exigiriendo la liberación del detenido.
De eso, resultó que Peréz reintegró la prisión del Justicia, bajo la juridicción inquisitorial. Desde ahí, condujo una campaña contra el rey y la Inquisición, estimulando la animosidad popular.