De todo el sistema polisinodial podemos destacar cinco consejos, que podríamos “llamar consejos mayores”:
El Consejo Real o de Castilla:
Carlos V culminó el proceso de modernización del Consejo de Castilla iniciado por los Reyes Católicos, reduciendo aún más la presencia de la nobleza, incrementando la de los juristas y limitando el número de consejeros. Fue presidido habitualmente por un prelado.
Tenía diferentes funciones:
- Administrativas: trataba la mayoría de los asuntos internos de Castilla.
- Judiciales: determinaba las apelaciones a las resoluciones de las audiencias y chancillerías, lo que causó múltiples retrasos.
- Legislativas: promulgaba leyes nuevas e interpretaba las antiguas, en temas sobre los que hubiese dudas.
- Institucionales: resolvía conflictos suscitados entre los demás Consejos.
El Consejo de la Suprema y General Inquisición:
Tenía jurisdicción en los territorios de las coronas de Castilla y Aragón. Trataba todo tipo de asuntos eclesiásticos. Era presidido por el Inquisidor General que contaba con 5 ó 6 consejeros. Del Consejo dependían los tribunales permanentes, distribuidos por la geografía de ambas coronas (10 en Castilla y 4 en Aragón). Entre los asuntos eclesiásticos que trataba podemos destacar los relacionados con la defensa de la fe católica, las manifestaciones supersticiosas, las conductas inmorales y las ofensas al Santo Oficio.
El Consejo de Estado:
Estaba compuesto por una docena de integrantes, fundamentalmente nobles de alta alcurnia, eclesiásticos, personal de la Casa Real y en casos excepcionales, funcionarios. Todos los consejeros tenían el mismo rango y no había presidente (porque ejercía como tal el propio Emperador). También formaban parte el Presidente del Consejo Real y el Inquisidor General.
Su función consistía en aconsejar al monarca en asuntos de política exterior. No obstante, Carlos I no lo consultó con mucha frecuencia, ya que prefirió tomar las decisiones por sí mismo, con la ayuda de sus principales secretarios. Esto menguó su influencia política y su importancia administrativa.
El Consejo de Hacienda:
Fue segregado del Consejo de Castilla en 1523. Sustituyó a la Contaduría Menor de Cuentas. Se ocupó de la administración de los recursos estatales de Castilla y fue el que proporcionó al monarca la mayor parte del dinero con que sufragó sus campañas internacionales.
El Consejo de Indias:
Fundado en 1511, fue estructurado en 1524, como consecuencia del extraordinario volumen que alcanzaron los asuntos relacionados con las Indias. Tenía competencia sobre asuntos militares, políticos y judiciales relacionados con el Nuevo Mundo. Supervisaba el funcionamiento de la Casa de Contratación de Indias, en Sevilla. Proponía a los virreyes, a los generales de flotas y ejércitos de tierra, y a los obispos y arzobispos de las diócesis indianas.