La Corona de Aragón tenía una estructura institucional diferente de la castellana.
Al frente del reino, en ausencia del rey, se encontraba un Lugarteniente General del Reino, un virrey, escogido entre miembros de la nobleza muy próximos a la Corona.El virrey tenía responsabilidades gubernativas y militares, pues de él dependía la defensa del reino y el mantenimiento del orden público. No obstante su poder se encontraba muy limitado por la importancia de las Cortes, los fueros y el poder de las ciudades.
Las Cortes en la Corona de Aragón mantuvieron sus rasgos medievales. Los tres reinos mantuvieron sus propias Cortes separadas. De hecho, en cuatro ocasiones fueron celebradas en lugares diferentes hasta que en 1528 Carlos I decidió organizarlas en Monzón que se encontraba en la frontera de los tres reinos. Carlos I las convocó en 1528, 1533, 1537, 1542 y 1552.
En las Cortes se discutía la cantidad del servicio reclamado por el monarca. Tenían una función legislativa auténtica, ya que votaban las leyes. Velaban por la legitimidad del acceso a la corona. Eran más celosas en la defensa de los privilegios, derechos y fueros propios de los reinos. Por ello, el poder real estuvo más limitado que en las castellanas y la presión fiscal fue moderada.
El gobierno de las ciudades también mantuvo sus características bajomedievales. Había un pequeño órgano ejecutivo, que se llamaban Consellers en Barcelona y Jurats en Valencia o Zaragoza, asesorados por un amplio órgano consultivo, en los que tenía representación no solo el patriciado urbano sino tambien sectores del artesanado.