En Castilla, había un gran malestar por diversos motivos:
- La proclamación de Carlos como rey de Castilla y Aragón en 1516, en Bruselas, no sentó bien en Castilla, ya que en vida de su madre, sólo era gobernador general de sus reinos y además había de ser considerado heredero por las Cortes.
- El envío a Flandes de una gran cantidad de dinero para financiar el viaje del rey y su corte.
- La posible influencia en la nueva corte de los flamencos o de los nobles castellanos partidarios de Felipe el Hermoso y contrarios a Fernando el Católico.
- Había en España muchos que preferían al hermano menor de Carlos, el infante Fernando, criado en España y que gozaba de cierta popularidad.
Todo esto, agravado con la marcha de Carlos en 1520 para asegurarse el título de emperador, provocaron una serie de conflictos, entre ellos:
El conflicto de las Comunidades (1520-1521):
Los incidentes empezaron en la ciudad de Toledo. Los regidores, encabezados por Juan de Padilla, tomaron el alcázar, expulsaron al corregidor y constituyeron una junta. Los procuradores que habían votado a favor de la concesión del préstamo fueron acusados de traición.
La oleada de disturbios culminó en la formación, por iniciativa de la ciudad de Toledo, de la “Junta Santa” en Ávila. La situación de revuelta se generalizó cuando las tropas reales enviadas por Adriano de Utrech para reprimir la revuelta de Segovia incendiaron Medina del Campo, que se había negado a hacerles entrega de su artillería.
A finales de 1520, las ciudades rebeldes castellanas habían formado un ejército dirigido por Juan de Padilla, que decidió trasladarse a Tordesillas, donde estaba recluida Juana la Loca, con el objetivo de que esta diera legitimidad a la rebelión, pero la reino decidió no apoyar a ninguna de las dos partes.
La revuelta estaba compuesta por componentes de la baja nobleza y de las oligarquías urbanas, con el apoyo del bajo clero. Pero finalmente se acabó adhiriendo la aristocracia por dos motivos.
- El nombramiento real de dos corregentes castellanos, sin cesar a Adriano de Utrech.
- La extensión de la rebelión al campo en los feudos de algunos grandes señores.
El final de la revuelta se produjo por diversos motivos, además de por la participación de la aristocracia:
- La suspensión de la recaudación del servicio “votado” en las Cortes de Santiago (A Coruña).
- La aceptación de no volver a otorgar cargos públicos de Castilla a extranjeros.
- La prohibición de salida de moneda castellana del reino.
Finalmente, Carlos I ordenó a los regentes la firme represión de la rebelión y la disolución de la Junta Santa. En 1521 se apresaron los principales líderes comuneros y se ejecutaron lo que conllevó la rendición de las ciudades castellanas (salvo Toledo que resistirá bajo el mando de María Pacheco, viuda de Padilla, hasta 1522).