Las grandes facultades como militar del Gran Capitán le llevaron a propulsar la reforma militar más importante desde la aparición del arco gales en época medieval. Todo esto lo basó en la observación de las circunstancias dominantes que le rodeaban, el conocimiento del empleo de las nuevas armas y técnicas de combate y el aprovechamiento de las lecciones de la historia; su fascinación por los triunfos romanos, que combatieron victoriosamente en todo tipo de climas y circunstancias. Gracias a estas ideas creó un nuevo sistema militar que completó las reformas iniciadas por Gonzalo de Ayora.
La combinación de las operaciones de combate permitió a Gonzalo Fernández de Córdoba, en el transcurso de las guerras de Italia, introducir varias reformas sucesivas en el ejército español, que desembocaron en la creación de los famosos Tercios. La primera reorganización fue en 1503. Gonzalo creó la división con dos coronelías de 6.000 infantes cada una, 800 hombres de armas, 800 caballos ligeros y 22 cañones. El general tenía en sus manos todos los medios para llevar el combate hasta la decisión.
Dio el predominio a la infantería, que es capaz de maniobrar en toda clase de terrenos. Dobló la proporción de arcabuceros, uno por cada cinco infantes, y armó con espadas cortas y lanzas arrojadizas a dos infantes de cada cinco, encargados de deslizarse entre las largas picas de los batallones de esguízaros suizos y lasquenetes y herir al adversario en el vientre. Puso en práctica, además, un escalonamiento en profundidad, en tres líneas sucesivas, para tener una reserva y una posibilidad suplementaria de maniobra.
El Gran Capitán facilitó el paso de la columna de viaje al orden de combate fraccionando los batallones en compañías, cada una de las cuales se colocaba a la altura y a la derecha de la que le precedía, con lo que se lograba fácilmente la formación de combate. Adiestró a sus hombres mediante una disciplina rigurosa y formó su moral despertando en ellos el orgullo de cuerpo, la dignidad personal, el sentido del honor nacional y el interés religioso. Hizo de la infantería española aquel ejército formidable del que decían los franceses después de haber luchado contra él, que “no habían combatido con hombres sino con diablos”.
El resultado de estas reformas queda reflejado en la historia; una aplastante victoria tras otras en las campañas que dirigió en Italia desde el año 1494 hasta el 1504, y al término de los cuales ocupó el virreinato de Nápoles desde otros cuatro.
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