No obstante, pasados los primeros momentos de euforia por la  facilidad con la que Juana había dado a luz, comenzaron nuevamente  las desavenencias entre ambos esposos, posiblemente por la desilusión  que sintió Felipe porque su primer hijo no hubiese sido un varón y sobre  todo por las continuas protestas de su esposa, que consideraba que el  comportamiento que mantenía Felipe respecto a Francia era desleal con  sus padres. Este cambio en las relaciones de los archiduques, afectó no  sólo a la vida privada de Felipe, sino que también contribuyó a enfriar más  aun las relaciones que mantenía con sus suegros, aunque los contactos  entre ambas cortes no quedaron interrumpidos totalmente por el bien de  la infanta Juana, cuya situación preocupaba enormemente a Isabel y a                Fernando.

Así las cosas la situación no mejoró mucho los meses siguientes, en el  verano del año 1498 Felipe escribió una carta en la que solicitaba que se  produjera el regreso de su hermana Margarita, como ya había hecho su  padre, afirmando tajantemente que nada hacía en Castilla su hermana tras  la muerte de su esposo y de su hijo. Muy pronto fueron conscientes Isabel  y Fernando del peligro de esta petición, ya que en aquellos momentos se  estaba negociando el matrimonio de la infanta Catalina y el príncipe de Gales,  motivo por el que parecía probable que tanto Felipe como Maximiliano I  utilizaran a Margarita para entorpecer las mencionadas negociaciones,  como finalmente ocurrió……