Conocido sobre todo por su faceta religiosa, San Francisco de Borja tuvo también una faceta no por poco conocida menos interesante; nos referimos a su papel de maestro espiritual de las mujeres de la familia real de los Habsburgo españoles. Su relación con las reinas e infantas españolas no ha sido estudiada con la profundidad y el esmero que se merece, sin contar su famosa conversión tras la muerte de la emperatriz Isabel de Portugal, a la que apreciaba mucho.
En 1522, siendo un adolescente aún, Francisco fue enviado por sus padres los Duques de Gandía a servir en el palacio de Tordesillas, donde residía recluida la legítima reina de Castilla, Juana I, apartada del gobierno por su precaria salud mental y la subida al trono de su hijo Carlos como rey de Castilla en 1516 y como emperador del Sacro Imperio Romano en 1519. Seis años más tarde, en 1528, entró al servicio del emperador Carlos, como caballerizo mayor de Isabel de Portugal, la emperatriz consorte.
Los planes familiares iniciales para el joven Borja consistían en desposarlo con doña Aldonza de Cardona, un matrimonio muy ventajoso para la casa de Borja tanto desde el punto de vista económico como por el prestigio social de los Cardona. Lo cierto es que, por extrañas razones, en 1529 tuvieron lugar unas delicadas negociaciones para acordar su boda con doña Leonor de Castro, dama portuguesa del cortejo de la emperatriz Isabel. Tras pactar todos los detalles, los esposos pudieron reunirse en Toledo en agosto de 1539. Pocos días después, Isabel de Portugal escribió al Duque de Gandía que se alegraba enormemente por el casamiento de su hijo con su dama, y le ofrecía concederle las mercedes que pudiese.
El matrimonio finalmente se celebró en 1529, en el Alcázar Real de Madrid, como muestra del gran aprecio de los monarcas por la feliz pareja. Francisco y Leonor no tardaron en tener una amplia familia, cinco varones y tres mujeres: Carlos en 1530, Isabel en 1532, Juan en 1533, Álvaro y Juana Francisca en 1535, Fernando en 1537, Dorotea en 1538 y Alonso en 1539.
En 1539, doña Leonor acompañó a su esposo en el entierro de la emperatriz, fallecida estando embarazada de su sexto hijo en sus aposentos del palacio toledano de Fuensalida, ya que era su camarera mayor, además de íntima amiga. El emperador, desgarrado por el dolor de la pérdida, se retiró por un tiempo al monasterio de Santa María de la Sisla. Su hijo, el príncipe Felipe, futuro Felipe II, fue el encargado de presidir el cortejo fúnebre hasta la Capilla Real de Granada, donde sería enterrada la soberana. Francisco de Borja dirigió la comitiva como caballerizo mayor de la difunta.
Cuando llegaron a la Capilla, hubo de dar fe a los monjes de que el cadáver que entregaba para enterrar era el de la emperatriz, por lo que se abrió el ataúd. Ante la visión del cuerpo de Isabel, en avanzado estado de descomposición, Francisco sentenció: “No puedo jurar que ésta sea la emperatriz, pero sí juro que es su cadáver el que aquí ponemos.” Según se dice, fue este suceso el que le inclinó a la vida religiosa.
Leonor pasó sus últimos días en el monasterio de San Jerónimo de Cotalba, muy cerca de Gandía. En ese lugar falleció el 27 de marzo de 1546. Su esposo, sumamente entristecido, renunció a sus bienes y posesiones en favor de sus hijos, cediendo los títulos nobiliarios, y marchó a Roma en junio de ese mismo año. Decidió ingresar en la recientemente fundada Compañía de Jesús. Por su linaje y posición en la corte, inmediatamente se le ofreció el título de cardenal. Francisco no quiso aceptarlo, pues prefería vivir el resto de su vida como humilde predicador itinerante.
En 1554 llegó a ser comisario general de los jesuitas en España, y en 1565, a la muerte del P. Laínez, Padre General de la Orden, hasta su fallecimiento el 1 de octubre de 1572, a los 62 años de edad, en Roma. El Papa Clemente X le canonizó en 1671, tardíamente en comparación con Ignacio de Loyola y Francisco Javier (1622). Hoy en día es santo patrono en España de la nobleza y la cetrería y de las ciudades de Gandía, Valencia y Bonares.