La obra de Pascual Boronat y Barrachina Los Moriscos españoles y su expulsión (1901), acerca de los moriscos está en la línea de la historiografía conservadora decimonónica de Danvila, Roque Chabás y Menéndez Pelayo, que no sólo justifican, sino que alaban la expulsión de los moriscos en 1609, decretada por el rey Felipe III. Como indica don Marcelino, era la conclusión “lógica” y necesaria a la trayectoria iniciada por don Pelayo en Covadonga y jalonada por el bautismo forzoso impuesto por los Reyes Católicios, puesto que las buenas relaciones entre las comunidades cristiana y morisca se veían impedidas por ser los moriscos “perversos españoles, enemigos domésticos, auxiliares natos de toda invasión extranjera” y ser una “raza inasimilable”. La expulsión, según esta corriente historiográfica, era el triunfo de la unidad de raza, de religión, de lengua y de costumbres.
Por el contrario, la actitud moriscófila de los liberales del XIX, como Florencio Janer, José Muñoz Gaviria, Matías Sangrados y Vítores o Vicente Boix, culminaría en la obra del estadounidense Henry Charles Lea, The Moriscos of Spain, también de 1901. Intentan “entender” a los moriscos y alaban su laboriosidad, admiran al arzobispo Hernando de Talavera en Granada y critican a Cisneros, Lerma y Felipe III, y hacen hincapié en las consecuencias negativas de la expulsión.
A partir de los años cincuenta, bajo la influencia de los Annales, los historiadores pretender ser más científicos y no dejarse influenciar tanto por sus opiniones personales, en una postura más acorde con la Historia “total” y “combativa”, que aspira a comprender el pasado y no a juzgarlo. En la postura de esta escuela se sitúa Caro Baroja con su tratado Los Moriscos del Reino de Granada. Ensayo de Historia social, o la Geografía de la España morisca, de Henry Lapeire.
Halperin-Donghi califica la relación entre cristianos y moriscos como un conflicto nacional, mientras que Braudel prefiere usar el término conflicto de civilizaciones. Se ve a estas dos comunidades como dos mundos cerrados, yuxtapuestos, con características peculiares que los diferenciaban entre sí y los llevan a un enfrentamiento en el que se impone el más fuerte.
En Valencia se profundiza en las consecuencias de la expulsión –la distribución de tierras (A. Bataller), las características demográficas del proceso repoblador (Torres Morera) o el análisis de las cartas-puebla (Císcar)- por lo que el período previo a 1609 queda oculto en las sombras. Los estudios de los arabistas son especialmente interesantes para comprender mejor esta cuestión (M. de Epalza, A. Labarta, Barceló Torres, Bramon…), que transcriben documentos aljamiados que aportan a los historiadores información imprescindible para conocer la otra cara de la moneda, es decir la visión que tenían los propios moriscos de su convivencia con los cristianos viejos. Sin duda aún nos queda un largo camino por recorrer en la historia de las relaciones entre ambas comunidades.