Las causas de la aparición de las universidades en Italia fueron: la llegada de textos aristotélicos desde Grecia, la aparición de un sistema socio-económico más burgués, la paz y prosperidad social del siglo XIII, la influencia del mundo islámico y de la antigüedad traídos por grandes comerciantes, el aumento del número de escolares en las escuelas y el crecimiento de la aspiración a mayores saberes para ser de mayor utilidad a la sociedad y a Dios.
Italia fue el foco inicial del renacimiento, por lo que su papel en las universidades del resto de Europa fue indispensable. La facultad de derecho siempre fue la más importante de la Edad Media, y se mantuvo así durante la modernidad. Sin embargo las facultades de teología irán adquiriendo mayor significación dado a las necesidades urbanas y a la llegada de estudiantes extranjeros.
La mayoría de universidades italianas surgieron entre los siglos XIII y XIV (Vicenza, Padua, Nápoles, Roma, etc.). En un primer momento estas universidades estaban destinadas a servir a la cristiandad, sin tener en cuenta a las naciones, pero con la llegada del humanismo y la idea de un mundo antropocentrista, comienzan a apartarse de la idea de una Europa universal y a dividirse según su nacionalidad, siendo utilizada como un instrumento político de los Estados donde se encontraban, una fuerza cada vez más laica.
Antes de la Contrarreforma, las universidades italianas contaban con cierta independencia, pero esto cambió y Pío IV promulgó una bula para evitar que los protestantes extranjeros se graduaran en los territorios italianos, aunque no fue una medida uniforme, sino que cada Estado la aplicó según les convenía a sus dirigentes.
Sin embargo, el interés de las autoridades estatales por las universidades bajó en el siglo XVII, reflejado en la bajada de sueldo de los profesores, quienes debían buscar otro trabajo para sobrevivir; mientras el número de colegios religiosos aumentaba, el de las universidades descendía. Se crearon academias aristocráticas, academias de la Corte (Bohemia, Florencia, etc) y escuelas profesionales, al mismo tiempo que las universidades fueron cayendo bajo el dominio de la iglesia. Los intentos de adecuar los estudios a las necesidades e intereses seculares fracasaron, gracias a la falta de apoyo de los Estados y a la mala situación económica de los mismos.