Universidad de Praga
El nacimiento de la universidad de Praga se basa en tres documentos: la bula del papa Clemente VI (1342-1352) del 26 de enero de 1347, respondiendo de forma favorable a la petición del rey; la carta del 7 de abril de 1347, con la que el rey Carlos instituye la universidad, y la carta del 14 de enero de 1349, con la que Carlos IV concede privilegios ostentados por las universidades de Bolonia y de París. El rey veló celosamente por la nueva institución, por lo que fue también el primer mecenas de la universidad, y el más grande. Se empleó a fondo en la elección del equipo profesioral, en los compromisos de gastos, y en la fundación del colegio que llevó su nombre.
La carta de 1349 ofrecía a la universidad dos modelos difíciles de conciliar, París y Bolonia; pero la estructura siguió siendo básicamente parisina. De este modo el studium estaba vigilado por el canciller, el arzobispo de Praga, quien se encargaba de velar que se respetaran los estatutos, de controlar los exámenes y de conferir las titulaciones; gobernado por el rector, quien era el que tenía en sus manos el auténtico poder, todos los miembros de la universidad le juraban obediencia y fidelidad, controlaba la producción de libros, así como las escuelas de Praga y más tarde todas las escuelas de Bohemia, teniendo en cuenta que la universidad estaba exenta de toda jurisdicción; el rector era también juez supremo para todas aquellas cuestiones que afectaran a estudiantes y profesores, a comienzos del siglo XV el rector se convirtió en vicecanciller y, de 1431 a 1561 cuando la silla arzobispal estuvo oficialmente vacante se convirtió también en canciller. La universidad de Praga es la primera de Europa central y la primera en territorio eslavo. Las elecciones y las decisiones de importancia eran votadas previamente dentro de las naciones, luego cada una de ellas disponía de un único voto depositado en sus delegados para el escrutinio final de todas las naciones.
Los maestros de Praga optaron por la participación en la vida social y afrontar los problemas de su época. La revolución husita destruyó las antiguas estructuras de la Iglesia y, al privar ésta de sus riquezas, la revolución también los cimientos materiales de la existencia de la universidad y sus colegios; los que provocó finalmente la desaparición de la universidad de derecho y de las facultades de teología y medicina, y hasta el siglo XVI el studium de Praga quedó reducido a la facultad de artes, con carácter local y nacional.
Universidad de Viena
El duque de Austria, Rodolfo IV de Habsburgo, pretendió fortalecer el poder de la casa de Austria ante los Luxemburgo fundando una universidad en Viena. En un primer momento, la universidad de Viena dispondría de cuatro facultades: teología, derecho, medicina y artes. El conjunto de maestros y estudiante residía en una parte del recinto obispal de Viena rodeada por murallas y en las cercanías del Schottentor y de la Herrengasse; gozaban de los privilegios jurídicos y fiscales; su canciller era el preboste de la Stephanskirche que ya era sede de una escuela en la que se enseñaban las artes liberales; se organizaron en cuatro naciones: austríaca, bohemia, sajona y húngara, eligiendo cada una de ellas a un representante que debía ser como mínimo un magister artium, y los cuatro representantes de las naciones elegían cada año al nuevo rector.