Las primeras universidades del SIRG aparecen en el siglo XIV: Praga, Viena, Heidelberg, Colonia y Erfurt; para después seguir apareciendo más en el siglo XV, coincidiendo con la invención de la imprenta: Würzburg, Leipzig, Rostock, Lovaina, Friburgo de Brisgovia, Ingolsbadt, etc. Estas universidades poseían un carácter corporativo cuyas evidencias era la existencia de unos privilegios del fuero, llamado Privilegium scholastium en el documento firmado por Federico I en la dieta de Roncaglia (1158).
Las luchas internas entre la escolástica y el humanismo fomentaron el enriquecimiento intelectual de ambos; las facultades más influenciadas por el humanismo fueron medicina, derecho y teología. Muchos historiadores han culpado a las guerras de religión del declive de las universidades, pero en realidad fue en esta época cuando tuvieron su mayor auge y se llevaron a cabo los mayores logros, cobrando más importancia que las universidades de Francia o Italia, aunque también en ésto tuvieron que ver los centros comerciales. Los intelectuales fueron abandonando las universidades para ponerse al servicio de los estados.
Las universidades humanistas se dedicaron a aplicar resultados en lugar de la experiencia intelectual y moral y los autores antiguos comienzan a cobrar importancia frente a los textos bíblicos. Desde la fundación de Praga, las universidades alemanas debieron su inauguración a las dotaciones principescas y municipales. A finales de la Edad Media ya existían 14 universidades, para lo cual formó un papel muy importante la iglesia, con sus conflictos con el imperio.
Los príncipes comenzaron a construir sus propias universidades regionales para obtener así mayor prestigio. Con la influencia de Lutero la enseñanza universitaria se especificó y diversificó por regiones, fortaleciendo a los principados, en un principio en los territorios reformados, pero que más tarde serían imitados por los católicos. En estos últimos las universidades fueron siendo tomadas por la Compañía de Jesús, quienes establecieron la contrarreforma, no solo en las facultades de teología sino también en las de arte. Las facultades de derecho y medicina funcionaban con independencia de la iglesia por lo que ganaban el interés de los monarcas, sobre todo de los protestantes. También se daba la contrapartida, es decir, la influencia de la facultad de teología en la política de ambas confesiones.
Los profesores renacentistas consideraban que terminar los estudios en otros países era imprescindible para una educación humanista, sin embargo, los gobernantes comenzaron a aprobar leyes que prohibían estos viajes para no “contaminarse” de otras religiones, aunque la verdadera causa era la pérdida de impuestos que sufría el Estado; la mayoría de veces los castigos no se cumplían, por lo menos no hasta el siglo XVII. Así, Carlos V promulgó una ley según la cual los asesores debían de haber cursado al menos 5 años en una universidad que el aprobara. Éstas y otras medidas de la casa de Habsburgo provocaron un aumento de alumnos en las universidades católicas y un descenso en las protestantes; además las universidades se dividieron en tres grupos: las católicas, las protestantes y las tolerantes. Las guerras de religión fueron un periodo de inestabilidad durante el cual los estudiantes huyeron a Estados con mayor afinidad religiosa a la suya, creándose en el caso de los católicos colegios especiales por parte de los jesuitas para dar alojamiento y estudio a los refugiados; también fueron exiliados griegos y judíos, a los cuales se les tenía prohibido estudiar en la universidad.