A partir de las conquistas comenzó la llamada « colonización de América ». La Corona de Castilla otorgó en las capitulaciones de descubrimiento y conquista muchos poderes a los conquistadores. Fue la razón por la cual los conquistadores empezaron a ejercer los primeros sistemas de control y de explotación del territorio. Tenían plena autoridad militar. La Corona de Castilla tuvo que recuperar el control sobre la conquista y la colonización cuando sucedieron problemas durante el segundo viaje de Colón entre èl y los colonizadores.
Los primeros colonizadores instalaron la encomienda : se les exigía a los indios que se pusieran a la disposición de un español (encomendero) y que trabajaran para él a cambio de educación y protección. Estas encomiendas se convertieron en una especie de servidumbre, lo que provocó muy rapidamente la reacción de algunos dominicos, cuyo por ejemplo Bartolomé de Las Casas.
Los españoles también usaron lo que era llamado la Mita. Consistía en un trabajo expcional para el bien común. Gobernadores y virreyes administraron el reino de las Indias. Se creó el Consejo de las Indias en 1524 que trataba en Castilla las cuestiones relativas al reino de las Indias.
El primer contacto social que se estable entre europeos e indios se produjo en las Antillas, y más concretamente en La Española o Santo Domingo. La estrategía de la incorporación de los indígenas a la civilisación cristiana, con una explotación humana por parte de los colonos y encomenderos, se orientó principalmente hacia el grupo de los Taínos con especial dedicación hacia los caciques y sus descendientes.