En febrero de 1997 el ministro de Asuntos Exteriores Abel Matutes viajó a Manila con el propósito de potenciar las relaciones comerciales entre ambos países. El resultado fue la creación de una comisión mixta hispano-filipina que estaría encargada de la mejora de la cooperación política, económica y cultural. Aquel viaje fue el primer fruto de las buenas intenciones manifestadas en la visita de los Reyes de 1995, en donde se había acordado realizar reuniones de alto nivel cada dos años.
En febrero de 1998 los Reyes volvieron a realizar una visita de Estado de tres días a Filipinas. Aquella visita tuvo un marcado carácter simbólico, pues coincidió con el centenario de la independencia de Filipinas del dominio colonial español. La Agencia Española de Cooperación Internacional destinó 400 millones de pesetas a la participación de España en las conmemoraciones de aquel evento.
La cooperación siguió fortaleciéndose con la visita que en marzo de 1999 el secretario de Estado para la Cooperación Internacional y para Iberoamérica, Fernando Villalonga, realizó en Manila con objeto de reforzar proyectos concretos de cooperación española en el país, tales como la preservación del patrimonio histórico común, la acción contra la pobreza y el aumento de la cooperación cultural y educativa entre ambos Estados. Por su parte, el ministro de Asuntos Exteriores filipino, Domingo Siazón, visitó oficialmente España en abril de 1999. Junto con su homólogo Abel Matutes firmaron el día 8 de ese mes un Tratado de Amistad y Cooperación con el objetivo de profundizar y ampliar las excelentes relaciones de hermandad entre los dos países.