Normalmente enviaban al comisario al lugar de los hechos. Si no hubiese sido nombrado o se hallara ausente, era el párroco del lugar el que acudía a dicho lugar para comprobar los sucesos acaecidos. Era necesario que los inquisidores le instruyeran de forma específica y lo nombraran su representante. Le daban poderes por escrito y una serie de preguntas que tenía que realizar, de que manera hacerlas y a quién. También era necesario que el comisario, ya sea el oficial del lugar, o el nombrado exclusivamente para el caso, aceptar el cargo por mandato de los inquisidores.

Entre la tareas más comunes encomendadas al comisario, encontramos: la revisión de libros parroquiales, la comprobación de la celebración del matrimonio y que se correspondiera con la persona que era objeto de la persecución. Acudir al párroco que los había casado si aún vivía, preguntándole detalles del matrimonio, como quienes habían sido los testigos, etc. Los testigos eran llamados nuevamente a declarar para ratificar su versión y poder descubrir si alguno mentía. Esta ratificación siempre se hacía ante dos testigos considerados personas santas y buenos cristianos. Normalmente eran párrocos de alguna Iglesia de la ciudad, si el interrogatorio se hacía en la sede del tribunal y ante los inquisidores, solían ser testigos miembros de la catedral.
Al final de la investigación debía haber los suficientes datos para poder justificar el matrimonio o no. Pero podían pasar años hasta que finalizara el proceso. Si uno de los matrimonios se había celebrado en Indias se demoraba todavía más el proceso, ya que había que mandar el resultado a la Suprema, y ésta remitir todo el proceso al tribunal que lo había solicitado.
Lo normal es que en caso de que las diligencias fueran positivas el acusado ingresara en prisión, pero en algunas ocasiones por falta de espacio, se consideraba la ciudad por cárcel.
Los bígamos se sirvieron de todo tipo de engaños para llevar a cabo sus segundos matrimonios. Utilizaban nombres falsos, falsear datos de lugares por donde habían pasado o simplemente hacerse pasar por viudos.
Este delito presuponía la existencia de un primer matrimonio público y notorio, por lo que los segundos matrimonios solían llevarse a cabo lejos del lugar de origen, en zonas donde el acusado no era conocido por nadie. El bígamo, por lo tanto, es consciente de que está actuando mal, el error doctrinal apenas existe. Los reos confiesan haber contraído matrimonio sabiendo que estaban cometiendo un pecado. La razón última de perseguir al bígamo no era el acto inmoral en sí mismo, sino averiguar si había negación de la doctrina sacramental y de la indisolubilidad matrimonial.
Respecto a las mujeres que cometieron este delito, se circunscriben a los siglos XVI y XVII , y siempre en un número inferior al de los varones. A partir del XVIII desaparece, por el gran control que la Inquisición ejerce, y porque son los hombres los que emigran, dejando a sus mujeres en las islas.