Situada en el camino de China, indonesia fue conocida confusamente, desde la Antigüedad. El hinduismo se extendió por Java y Sumatra a partir del siglo II; después lo hizo el islam. Las dos islas estaban poco diferenciadas en la geografía árabe. Los portugueses aparecen hacia 1509 y Antonio de Abreu, un lugarteniente de Albuquerque, llega a las Molucas (centro de la producción de especias). Magallanes llega a la Filipinas en 1521 y es asesinado; su sustituto, Elcano, carga su navío en las Molucas. Estas islas son reclamadas por los españoles; posteriormente son cedidas a los portugueses con el conjunto de Indonesia y los españoles no conservan más que las Filipinas. En 1509, los hermanos Parmentier, de Dieppe, van a Sumatra para buscar especias y encuentran la muerte. Los holandeses llegan a Java en 1596, dan la vuelta a la isla, fundan Batavia en 1619 y reemplazan poco a poco a los portugueses.
Java fue explorada rápidamente. A partir de 1835, se hicieron allí trazados regulares.Sumatra fue explorada en el siglo XIX, especialmente por Veht (parte media) y en el siglo XIX por Moszkowsky (este y centro) y Volz (norte).
Borneo, con ríos cortados por rápidos, presentaba más dificultades. En el siglo XIX, se pueden citar los viajes de Von Martens, que remontó el río Kapuas; los de Schwaner, que recorrió las cuencas de los ríos del sur; los de Bock, quien por el Mahakam, llegó a Koutei, país de caníbales, los del naturalista, Wallace, que visitó Sarawak; en el siglo XX, Nieuwenhuis y después Lumholtz exploraron la parte central. El interior de las Célebres, muy recortadas y montañosas, permaneció durante mucho tiempo poco conocido. La principal exploración fue hecha por los hermanos Sarasin, alemanes, a comienzos del siglo XX.
Las complicadas costas de las Filipinas únicamente eran bien conocidas por los españoles. El capitán inglés Anson encontró, en un galeón capturado en 1730, un mapa y un plano, que publicó. Los padres jesuitas contribuyeron al conocimiento científico del archipiélago.