En el segundo viaje 1496 Colón pudo descubrir las Antillas menores (Guadalupe y Dominica), prosiguió su viaje por Puerto Rico, volvió a pasar por la isla La Española y fundar la ciudad de la Isabela. Para finalizar su periplo exploro Cuba y Jamaica.
Se prepararon 17 navíos y 1200 expedicionarios. Junto a los veteranos de la primera expedición, tambien se encuentran 800 hombres de armas al mando de Pedro Margarit, varios religiosos con fray Boil a la cabeza; artesanos, labriegos, oficiales reales (como Antonio de Torres, hermano del ama del príncipe don Juan); el médico Diego Alvarez Chanca y Diego Colón, hermano menor de Cristóbal. De los indios que llegaron con Colón, “descubridores de Europa”, se reembarcan siete, de los cuales cinco morirán en la travesia.
La empresa de este segundo viaje fue finanaciada por la Corona con carácter de monopolio (es decir, sólo la Corona podía negociar los bienes obtenidos en la expedición), aceptando con capitales del duque de Medina Sidonia y del banquero italiano Juanotto Berardi. Embarcaron tambien todo tipo de animales, plantas y semillas.
La instrucciones reales, dedican una sola de las dieciocho cláusulas a la evangelización, recomendando que trataran bien a los indios; las otras cláusulas establecieron la empresa Reyes Católicos-Colon (para explotar lo que se encontrar), resaltan tambien los fines comerciales del viaje y copian el modelo portugués al indicar a Colón que construyera una aduana donde se almacerarian los bienes que llegaran de España y rescatar los remitidos desde las Indias (la aduana seria similar a la de Cádiz).
El viaje a América fue tranquilo y sin contratiempos, siguiendo una ruta más meridional que la de 1492.
Al amaener del día 3 de noviembre, 21 días después de pasar por las Islas Canarias, recalaron en La Deseada, una de las pequeñas islas de Antillas, en el otro extremo del arco insular con respecto al primer viaje.
Pasando por la islass Dominica, Marigalante y Guadalupe, por un camino desconocido, se dirigen a La Española, donde sufren un gran desengaño, porque el fuerte de la Navidad ha sido destruido y sus colonos han sido encontrados muertos. El cacique Guacanagari esplico que las disensiones internas de los españoles, la codicia de oro y de mujeres, la difícil adpatación al medio y la violencia sobre los nativos habian creado un ambiente inestable que provocó la rebelión de los caciques Caonabó y Mairení. Ante Cristobal Colon, Guacanagari reitera que él siempre defendió a los españoles con todos sus hombres, y que él mismo había resultado herido durante los sangrientos combates.
Sin acabar de aceptar esa explicacion, Colón decide fundar, cerca de las minas de oro del Cibao, una población donde se asentarian los nuevos colonos. En la isla Isabela se comienza a sembrar plantas españolas, se distribuyen lotes de tierra entre los vecinos y se comienza a realizar intercambios pacíficos con los indios, que permitieron inicialmente la supervivencia.
En febrero de 1494 Colón envío a Antonio de Torres a la península Ibérica con trece navíos, algunos con oro (escaso) y una carta en la que pide a la Corona que acepte la esclavitud de los indios caribes, porque la mayoría de los colonos han enfermado a causa del hambre y de las dificultades de aclimatacion.
Mapa del segundo viaje