Durante los cuatro meses que pasó en la prisión del Justicia, Peréz organizó la revuelta, que acabó por llamarse Las Alteraciones de Aragón. Cuando se estalló la crisis, Antonio Peréz y algunos de sus partidarios se fueron hacia Francia, mientras fue condenado a ser quemado por la Inquisición.
En Noviembre 1591, el ex-secretario real cruzó la frontera y se instaló en Pau, la capital bearnesa, bajo la protección de Catalina de Bearn, hermana de Enrique de Navarra (futuro Enrique IV). Felipe II intentó convencerle volver a España, alegando que era por el bien de su mujer y de sus hijos pero en vano. Así, se decidió intentar matarle y envió sus hombres en Francia.
Con otros exiliados españoles, como Martín de Lanuza, estableció un plan de invasión de España. Recibió pronto el apoyo de Enrique de Navarra, quien reunió para él unas centenas de soldados armados. Así listos, penetraron el territorio español. Pero los hombres del rey ya le habiá enterado del proyecto francés de Peréz. Con la ayuda de unas tropas, Felipe les expusó rapidamente del Estado real.
