Por fín, Peréz volvió en Francia en 1595, a petición de Enrique IV de Navarra. El rey francés le nombró consejero real y esté acabó consultado por altos personajes y embajadores, franceses o europeos. Imaginó varios planes de invasión de España para ellos, planes dichos cada vez más atolondrados. Pero en intento de invasión en 1597, Francia perdió Amiens y tuvó que en 1598 la Paz de Vervins con Felipe II.
Frente a una desconfianza creciente por parte del rey francés, el exiliado español decidió volver en su país y pidió a Enrique IV que solicitara el pardón al rey español y el permiso de su regreso, en cambio de del regreso de un refugiado francés en Flandes. Pero los dos monarcos no trataron eso. A la muerte de Felipe II en finales de 1598, volvió a intentar pedir perdón pero el sucesor real hizó caso a los planes de invasión y a los libros compuestos por Peréz, juzgando eso como una tración y un gran trastorno. Aún intentó pedir una pensión, aunque era fuera del país, pero no lo consiguió.
En 1608, su hijo mayor pensó que todos sus esfuerzos eran inútiles y le visitó en Francia. El ex-secretario real falleció en París 3 años después. Fue enterrado en el Convento de Celestinos en esa ciudad. Al final, en 1615, sus hijos lograron que se eliminó su condena como hereje.
