El nacimiento oficial del ducado moderno de Gandía se sitúa en diciembre de 1485, cuando el rey Fernando II de Aragón firma ante notario la venta de la ciudad y su castillo de Bairén, además de otorgar el título de duque, a Pedro Luis de Borja (hijo primogénito del futuro Papa Alejandro VI) y sus descendientes.
Pero hasta este momento se vivieron unas intensas negociaciones, pues además de los Borja había otros poderosos candidatos para ocuparse de la administración de la localidad y sus ricas tierras. Entre ellos tenemos la ciudad de Valencia (que de hecho desde 1470 administraba la población), y la casa de los Marqueses de Moya. Por si fuera poco las relaciones entre el monarca y la familia Borja eran bastante tensas, debido al conflicto surgido por la elección del nuevo arzobispo de Sevilla, en donde tanto el rey Fernando como Rodrigo tenían su candidato particular.
Así pues la pregunta que debemos hacernos fue como logró Rodrigo Borja obtener del rey para su primogénito uno de los señoríos más poderosos del reino de Valencia. Evidentemente son varios los factores que debemos tener en cuenta, como son:
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Las necesidades monetarias que tenía el monarca, inmerso en la guerra contra el reino nazarí de Granada. En este punto no hay que olvidar que la familia de los Borja se había convertido en una de las más poderosas del reino de Valencia, como lo demuestra la contratación de los mejores arquitectos para su palacio en la capital.
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Rodrigo era el obispo de Valencia, por lo que era uno de los personajes más destacados del reino, con una extensa red de influencias y poder.
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En el ducado existían pequeños señoríos fuertemente endeudados y enfrentados entre sí, lo que favorecía que una poderosa familia como los Borja se hiciera cargo del control del ducado.
Finalmente habrá que responder al interés que tenía el cardenal Borja en el Ducado de Gandía, en donde los motivos económicos jugaron un papel fundamental, pues el señorío (habitado fundamentalmente por población musulmana) era uno de los principales lugares donde se cultivaba la caña de azúcar en Europa, producto con un importante precio en el mercado, lo que venía a incrementar aún más la riqueza y el poder de los Borja, tanto en la península ibérica como en la italiana.