Después de que Wolsey cayó, Tomas le sucedió en el cargo de canciller en 1529. En ese momento se dedica totalmente a Enrique VIII y la causa de la prerrogativa real, Tomas inicialmente coopero con la nueva política del rey, denunciando a Wolsey en el Parlamento y proclamando la opinión de los teólogos de Oxford y Cambridge sobre que el matrimonio de Enrique con Catalina había sido ilegal. Pero ante ello Enrique comenzó a negar la autoridad del Papa, por lo que creció un desagrado en la opinión de Moro.
– Campaña contra la reforma: Tomas en apoyo de la iglesia católica vio que la herejía era una amenaza que debía ser erradicada, ya que ponía en peligro la unidad de la iglesia y de la sociedad. Así sus primeras acciones en contra de la reforma incluye ayudar a Wolsey en la prevención de libros luteranos que estaban importando a Inglaterra. Durante este tiempo la mayoría de sus polémicas literarias aparecieron.
En junio de 1530, se decreto que los delincuentes iban a ser llevados ante el Consejo del Rey, en lugar de ser examinados por sus obispos, la práctica seguida hasta ahora. La nueva iniciativa implicaba sanciones mucho mas duras, como el caso de Richard Bayfield, un graduado de la Universidad de Cambridge y ex benedictino monje, fue quemado en Smithfield en el año 1530 por distribuir copias de Tyndale traducción al ingles del Nuevo Testamento.
Ante la postura de Tomas Moro, empezaron a aparecer personajes contrarios a su doctrina en apoyo a estas torturas, como es el caso de John Foxe, que expreso su crítica a esta práctica a través de su famoso libro “Libro de los Mártires”. A estas expresiones Tomas Moro, defendió este sistema como un castigo aceptable, justificando que en todo momento a los acusados se les dio la oportunidad de arrepentirse antes de la sentencia.
– Dimisión: Hacia el año 1530, Tomas se nego a firmar una carta por los eclesiasticos y aristócratas pidiendo al Papa que anulara el matrimonio de Enrique con Catalina, ademas tendria que firmar un juramento que se declaraba al rey como Jefe Supremo de la Iglesia Inglesa, ante ello Moro quiso dimitir a lo que el rey no acepto esta petición pero en 1532 se le pidio otra vez la aceptación de la dimision, alegando que estaba enfermo y sufriendo de dolores en el pecho, esta vez Enrique VIII le concedio su petición.