El comercio con la metrópoli se hizo en los primeros años, en la forma ordinaria de las expediciones sueltas, enviándolas cada armador o comerciante, de España o de las Indias, cuando lo creía conveniente.
En Julio de 1522 se dieron ordenanzas referentes a estos navíos que hacían la carrera de América, fijando su tonelaje mínimo en 80 toneladas, disponiendo que llevasen armas para defenderse en caso preciso y señalando otras condiciones Viajeros italianos y de otros países dan testimonio de la abundancia de buques que hacían este comercio a mediados del siglo XVI. El veneciano Badoero dice en 1557 que de Sevilla salían anualmente unos 100; Tiepolo (1563) habla sólo de unos 60 o 70. A México se calcula que llegaron desde 1521 a 1536 sin contar las expediciones guerreras de 25 a 30 buques. A veces, navegaban juntos varios, formando una flota, como la que en 1555 salió de Sevilla y en 1556 de las Indias. Este sistema de flotas se convirtió pronto (1561) en oficial y obligatorio, según sabemos. A ello obligó principalmente, la inseguridad que la abundancia de corsarios y las guerras con holandeses, ingleses y franceses producían tanto en los mares americanos como la abrió a España.
Según las ordenanzas de 1561, las flotas debían ser anualmente dos, una para Nueva España y otra para Tierra Frime; pero las guerras trajeron alguna irregularidad en esto. Así en veinte años (los últimos del siglo XVI) solo llegaron a Veracruz 11 flotas y en el siglo XVII, 66. El número de buques que las componían era, naturalmente, variable. Según el embajador veneciano Donato, en 1537 llegaban a 30 mas los de escolta, un viajero en 1582 menciona 37, otro de 1625, 33 y 8 galeones de escolta. Los 33 iban destinados a diferentes puertos; Puerto Rico, Santo Domingo, Jamaica, Margarita… con cargas de vino, higos, uvas, aceitunas, aceite, telas, lino , hierro, azogue y otros productos. Generalmente se tardaba el viaje a Nueva España dos meses y medio. De panamá a Lima se empleaban otros dos meses, y lo mismo de Lima a Chile. Pero el sistema de flotas no se siguió rigurosamente. A los diferentes países americanos continuaron enviándose buques sueltos llamados avisos, cuya función principal era conducir el correo oficial, y a los cuales se autorizaba para cargar algunas mercancías. A veces, los mismo buques de guerra conducían azogue de España o llevaban a ella plata y oro. Por su parte, el comercio eludía en lo posible la reglamentación de las flotas, enviando expediciones sueltas que procuraban desembarcar en las Indias, ya ocultamente, ya pretextando que los temporales los habían hecho arribar.
El comercio con Filipinas y las tierras del Asia fue al principio libre; pero, bien pronto, el temor a la competencia que hacían las dsedas de China obligó a reglamentarlo en la forma que más arriba se indica, o sea, concentrándolo en el puerto mejicano de Acapulco de donde salía y adonde llegaba anualmente la llamada “nao de la China” o galeón de Manila. El cargamento de éste, que consistía a la ida en plata acuñada, cochinilla, cacao, aceite y tejidos de lana y a la vuelta de telas de algodón y seda, porcelanas finas, pesos, especias, aromas y productos de orfebrería, no debía de exceder la suma de 500.000 pesos pero de hecho llegaba a un millón. El viaje duraba, al principio de cinco a seis meses. Luego se redujo hasta noventa días. Las Filipinas hacían comercio con China, Japón y otras tierras asiáticas que enviaban sedas, lienzos, ferretería, loza, etc. Y exportaban cueros palo de tinte, seda, arroz, vino mantas de lana y algodón y otros productos. El Japón pidió más de una vez, en el siglo XVII maestros de construcción y operarios para buques. Los chinos acapararon en Filipinas el comercio menudo artes y oficios. De ellos se obtuvo el puerto de Inal para establecer factorías.
Así como Sevilla y Cádiz fueron los únicos puertos habilitados en la metrópoli ( aparte de Canarias) en las Indias lo fueron: Veracruz, en las costa atlántica mejicana, y luego, Jalapa; que se reembarcaban después en Porto Bello para ser conducidos a España. En este último puerto se celebraba anualmente una considerable feria, de cuarenta días, en la que se juntaban los productos de muchas regiones americanas y gran número de mercaderes y consumidores. Cartagena de Indias fue un plaza importantísima como centro del comercio sudamericano con el Atlántico y lugar de arribo de la flota llamada del Perú. Imposible es precisar la cuantía de las operaciones verificadas. Por cálculo de relativa aproximación k se supone que las minas mejicanas explotadas de 1521 a 1548 rindieron unos 40 millones y medio de pesos, la inmensa mayoría de los cuales se exportaron a España; pero respecto del valor de las demás mercancías, carecemos de datos.
El sistema de comerciar por flotas trajo muchos inconvenientes, el principal de los cuales era el acaparamiento a que daba lugar la larga periodicidad del arribo de aquellas y de la celebración de ferias; pues, conocedores los comerciantes de que en bastantes meses no volverían a imponerse ciertos productos, procuraban comprarlos en grandes cantidades para venderlos luego a precios subidos. Esta fue una de las causas de las restricciones en las compraventas y de las tasas ordenadas por los virreyes. Por otra parte, la organización de las flotas fue empeorando a medida que avanzaba el siglo XVII, de una parte, por los cuantiosos gastos que era preciso hacer para lograr el permiso, de otra porque este mismo que exigía gran poder económico en los concesionarios, produjo la consecuencias de rebajar la importancia militar de las flotas y de ponerlas en manos de las gentes de negocios, que se procuraban los permisos a fuerza de intrigas y dádivas. Así se vio, principalmente, en los últimos años de Carlos II.